使用python查找在csv文件中使用匹配词的所有实例

Question

我有一个包含许多列的 csv 文件

这是 excel 文件的图像 http://i.stack.imgur.com/AB6TP.png

我需要查看数千行，在标记为命中定义的列中查找任何名称为“grapevine”的病毒。 对于每个名为“grapevine”的单词，我需要编译它被提及的次数、长度范围（列标记的查询长度，[2]）和读取的总和（列总读取数，[4]） .

输入： http://i.stack.imgur.com/AB6TP.png

输出：

葡萄 1 6 234-234234 45634

葡萄 2 7 123-65432 12341

with open(argv[1], 'r') as f:
   for line in csv.reader(f):      
           contig_name = line[0]
           contig_length = line[3]
           read_count = line[4]
           hit_def = line[6]

           try:
                   pattern = r'.\[(.*?)\].'
                   hit_sub = re.search(pattern, hit_def).group(1)
                   print hit_sub

          except AttributeError:
                   hit_sub = hit_def


                   target.append([hit_sub])

这是我目前所拥有的 我不知道如何过滤名称

Answer 1

既然您不知道如何过滤名称，请尝试：

re.findall("Grapevine",f)