将 broom::glance() 与 glmmTMB 结合使用答案

【问题标题】：Using broom::glance() in conjunction with glmmTMB将 broom::glance() 与 glmmTMB 结合使用
【发布时间】：2018-04-03 10:03:47
【问题描述】：

我已经使用 glmmTMB 运行了一组 23 个模型。（我已将模型设置为list，示例代码如下所示）

cand.models<-list()
cand.models[[1]]<-glmmTMB(count~depth + slope + SST + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)
cand.models[[2]]<-glmmTMB(count~depth + slope + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)

我想创建一个汇总表，提供cand.models 中包含的每个模型的偏差。我尝试使用broom::glance()，它应该创建一个“单行”摘要，其中包括偏差，以及 AIC 和 BIC 等其他内容。

summ.table<-do.call(rbind, lapply(cand.models, broom::glance))

但是，输出不包括模型偏差！（它只包括 sigma、logLik、AIC、BIC 和 df.residual）。有谁知道它为什么不提供偏差（也许是 glmmTMB 特有的问题？）。或者，有没有人有替代解决方案来提取偏差？

【问题讨论】：

当我在glmmTMB 的帮助中生成一个示例模型并尝试glance 时，我收到以下错误：glance doesn't know how to deal with data of class glmmTMB。我在最新的 CRAN 版本和 broom 的开发版本中都试过这个，所以我想知道你是如何让 glance 在 glmmTMB 模型上工作的。当我对lm、glm 和lmer（来自lme4 包）返回的模型对象运行glance 时，glance 确实在输出中包含偏差。
有趣。我下载了 devtools::install_github("bbolker/broom") 以便我可以使用 dotwhisker::dwplot() 和 glmmTMB。也许这也改变了broom 与glmmTMB 的交互方式

标签： r broom

【解决方案1】：

跟进 cmets："master" version of broom 不包含用于 glmmTMB 模型的 glance 方法，这意味着 glance 不适用于 glmmTMB 模型。

您正在使用的broom 版本是Ben Bolker (bbolker) 的forked 版本，他在其中添加了一个适用于glmmTMB 模型对象的新glance 方法。但是，此glance 方法在输出中不包含deviance。不过，由于deviance = -2*log(likelihood)，您可以执行以下操作：

summ.table$deviance = -2 * summ.table$logLik

【讨论】：

注意：(1) 现在有一个正在开发中的broom.mixed package 可以执行此操作。 (2) 您需要注意偏差的定义，即是 -2*log(L) 还是 -2*log(L/L_0) ？
我已经安装了 bbolker 版本，它说：错误：没有类summary.glmmTMB对象的浏览方法