无法使 R-extension 在 NetLogo 中工作答案

【问题标题】：Cannot make R-extension work in NetLogo无法使 R-extension 在 NetLogo 中工作
【发布时间】：2016-01-25 13:06:12
【问题描述】：

我意识到这并不是一个真正的编程问题，但我希望这里一位经验丰富的 NetLogo 人员能够看到我做错了什么，尤其是你们中的许多人使用 Java 工作而我没有。

我正在尝试连接 R 扩展，以便我可以使用 R 库来做一些棘手的网络工作。我使用的是 Windows 7。详细的安装说明描述了三个必须设置的系统变量。我已经这样做了，并从命令提示符处回显它们，R_HOME 和 JRI_HOME 连接到似乎是适当的目录，并且我的 PATH 包括 R bin。

安装说明的第 4 步从命令行打开一个 R 终端，并且工作正常。同样，从该终端加载 rJava 库（即步骤 6，输入 library(rJava)）会返回相应的消息。检查 java 版本（第 9 步）返回适当的 64 位响应，与文档中的完全相同，只是我的 vm 版本更新。

一起测试（第 12 步）打开 NetLogo，我输入 extensions [r]，但勾选勾号立即将其关闭。根据文档，这是 R_HOME 和 PATH 的错误，但我看不到它。在命令行中，我收到一个错误Cannot find JRI native library! Please make sure that the JRI native library is in a directory listed in java.library.path，然后是许多 java 错误。

是否有我忘记设置的环境变量？即使文档中没有描述，我是否需要向 java.library.path 添加一些内容？

更新

经过进一步调查，r 扩展附带了一个名为 rsystemcheck 的扩展。安装那个[注意其他有这个问题的人，只需将文件夹移动到扩展文件夹中]，看来我的电脑（至少）安装了两个版本的 Java。这并不奇怪，因为 Java 更新过程并没有真正清理干净，而且许多程序安装了额外版本的运行时。

“检查 java”工具报告说我安装了 v1.8.0_51 和 v1.6.0_45，如果一个是 32 位，另一个是 64 位，那么 R 扩展将不起作用。

在我的文件系统中到处乱逛 - v1.8.0_51 绝对是 32 位的。我还安装了 v1.7.0 64 位（一个新的！）。我直接找不到v1.6.0_45，但我认为这是NetLogo安装的jre文件夹中的版本。

此外，尝试在没有 VM 的情况下安装 NetLogo 并指向我的 JRE 不起作用，因为 NetLogo 要求 JRE 为 32 位。此外，卸载java并替换为32位版本不起作用，因为我使用的是64位R。

【问题讨论】：

JenB，我认为您是这里经验丰富的 NetLogo 人之一！如果您没有得到答案，netlogo-devel Google 小组可能是合适的，尽管我知道这不是一个开发问题。
我很少使用 Windows。会不会是文件权限问题，或者类似的问题？
感谢火星。不应该是文件权限问题，我希望这是一个不同的错误消息（类似于拒绝而不是找不到）。我知道其他人在连接到 R 时遇到了问题。有一个非常相似的 Mac 问题stackoverflow.com/questions/27190975/…，对于不知道环境变量是什么的人来说安装会很困难，所以有些人只是没有完成所有步骤，但我的变量看起来不错。我对 jar 文件完全没有经验。
您可以尝试通过电子邮件将此问题的链接发送给 R 扩展的作者。我不确定他们是否在这里闲逛。
针对 java 版本不兼容问题更新

标签： java netlogo

【解决方案1】：

我认为关键是确保您的所有软件都是 64 位或 32 位的。我可以通过使用所有 64 位 R、Java 和 NetLogo 从 NetLogo 成功打开 R。我的工作代码可以在这里找到。 https://raw.githubusercontent.com/tonysdatamodels/netlogo.in.r/main/open%20netlogo%20in%20r。我在 youtube 视频上还有一个简短的视频，解释了如何从 R https://www.youtube.com/watch?v=zWMdaTEPTOc 成功打开 NetLogo。

【讨论】：

【解决方案2】：

好的，解决了（如果有些不满意）。我把它留在这里是因为我想其他使用 Windows 的人希望 R 和 NetLogo 相互交谈。

问题在于 NetLogo 需要 32 位 Java。我不知道 R 扩展的开发人员是如何获得 64 位 R 的屏幕截图的，但您真正需要做的是使用 32 位 R。

(1) uninstall 64bit java and instead install 32bit java

(2) add the 32bit R installation

(3) leave the environment variable %R_HOME% as in instructions

(4) add %R_HOME%\bin\i386 to Path

重要的一点是第(4)步，让R扩展找到R的32位安装。R安装目录有两个bin子目录，一个是64位(x64)，一个是32位(i386)。 Path 需要找到 32 位版本。

步骤 (1) 可能是可选的 - 我根本没有必要的 java 理解来解决如何处理 32 位和 64 位版本的 java。

【讨论】：

re：Windows 上的 64 位 Java，我看到你找到了 github.com/NetLogo/NetLogo/issues/423。在此处添加链接以防其他人感兴趣
查看 R 扩展的“doc”文件夹。有两个 pdf 文件，其中一个解释如何让 NetLogo 运行 64 位 Java。
NetLogo 提供了新的 64 位 java，现在也可以更轻松地使用 64 位 R。两招。 (1) 在文档的第 12 步，确保在键入 java -jar ... 之前进入 NetLogo 中的“app”文件夹，因为 NetLogo jar 文件现在位于不同的位置。 (2) 如果运行Win 8.1，您可能还需要stackoverflow.com/questions/16428098/…答案中的注册表项