R循环遍历子文件夹答案

【问题标题】：R loop through subfoldersR循环遍历子文件夹
【发布时间】：2021-10-16 06:58:24
【问题描述】：

我有一个包含许多子文件夹的父文件夹。我需要读取每个子文件夹中的文件。文件名是 Aligned.bam，在所有子文件夹中都是相同的。有没有办法可以为这个文件生成所有文件路径。这样我就可以编写一个循环函数来读取每个 bam 文件。

parent.folder <- '/N/slate/ATACseq'
subfolders <- list.dirs(parent.folder, recursive=TRUE)[-1]
subfolders/Aligned.bam--------->need something like this.

如何在 R 中实现这一点？

【问题讨论】：

对于提问者，甚至是第一次提问者，都希望进行广泛搜索。见：meta.stackoverflow.com/q/261592 似乎很可能以前有人问过这个问题。您是否查看过 SO 中涉及 [r] 和 list.dirs 的近 300 个项目中的任何一个？ stackoverflow.com/search?q=%5Br%5D+list.dirs

标签： r loops directory filepath

【解决方案1】：

你可以试试：

Files <- list.files(path = "full_path_to_parent_folder", pattern = "Aligned.bam$", recursive = TRUE, full.names = TRUE)

这将输出您在path 中设置的所需父文件夹中所有 Aligned.bam 的路径。

【讨论】：