Conda 使用 MKL 安装 r-essentials

Question

在我的 RHEL 服务器上，我没有管理员权限，但我可以创建 Conda 环境。我想创建一个使用英特尔 MKL（英特尔® 数学核心库）运行 R 的 Conda 环境。

我用 R_defaults.yml 创建环境，运行 $> conda env create --file R_defaults.yml:

name: R_defaults
channels:
  - defaults
  - conda-forge
dependencies:
  - pkgs/r::r-essentials=3.6.0=r36_0

激活环境，启动 R，和 sessionInfo() 我得到 MKL 没有被使用：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Server 7.7 (Maipo)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/geiringe/miniconda3/envs/R_r/lib/R/lib/libRblas.so

Microsoft R Open (https://mran.microsoft.com/download) 可以与 MKL 一起安装。

Anaconda 似乎改变了对 Microsoft R Open 的看法。在 2018 年 6 月，据说它成为 Anaconda 发行版的默认 R (https://www.anaconda.com/introducing-microsoft-r-open-as-default-r-for-anaconda-distribution/)。现在他们希望我们从 Microsoft R Open 迁移出去，他们不会更新 MRO 包 (https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/tasks/using-r-language/#switch-an-environment-from-r-to-mro)。 r::mro-base 的最新版本是 3.5.1，已经超过 1 年了。 r::r-essentials 的最新版本是 3.6.0

我有没有办法使用更新版本的 R 和 MKL 创建 Conda 环境？

Answer 1

优先考虑 Conda Forge 并明确指定 libblas 构建它对我有用 (osx-64)。例如，

YAML

name: R_mkl
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - conda-forge::r-essentials=3.6
  - conda-forge::libblas=3.8.0=14_mkl

来自激活环境中R -e "sessionInfo()" 的输出：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.6

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /Users/mfansler/miniconda3/envs/r_mkl/lib/libmkl_rt.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1

希望 linux-64 的情况类似。