我在一个 .txt 文件中读取多行 Linux 命令时遇到问题。 而且我想使用 GNU 并行。
当我阅读教程时......我无法正确理解它。
我有一个 .txt 文件。它有多个这样的命令行。
我可以从官方教程中获得的唯一帮助是阅读多个 .txt 文件。
我该如何解决这个问题？
【问题讨论】：
When I read the tutorial 哪个教程？你到底有什么不明白的？
parallel < commands.txt 不工作吗？
parallel 可能很方便，但您可以简单地将文件拆分为八个部分，然后执行for part in *.split; do sh "$part" & done 以在后台运行八个单独的sh 进程。
标签： linux command-line parallel-processing gnu-parallel
假设您有如下文件：
/data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam
而你想跑：
delly call -t DEL -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.DEL.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t DUP -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.DUP.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t INV -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.INV.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t TRA -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.TRA.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
delly call -t INS -n -q 15 -0 6_LEP-11_00186s.md.ir.br.bam.INS.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta /data/jaesoon/DB/DB6/6_LEP-11_001E6s.md.ir.br.bam /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam
那么你可以这样做：
parallel delly call -t {1} -n -q 15 -0 {2/}.{1}.bcf -g /data/jaesoon/DB/DB6/human_g1k.v37.fasta {2} /data/jaesoon/DB/DB3/3_blood_4s_merged.bam ::: DEL DUP INV TRA INS ::: /data/jaesoon/DB/DB6/*.bam
我建议您阅读 GNU Parallel 2018（可在 http://www.lulu.com/shop/ole-tange/gnu-parallel-2018/paperback/product-23558902.html 或下载：https://doi.org/10.5281/zenodo.1146014) 阅读 至少第 1+2 章。它应该花费你不到 20 分钟的时间和你的命令行 会爱你的。
【讨论】：