“环境”类型的 R 对象不可子集答案

【问题标题】：R object of type 'environment' is not subsettable“环境”类型的 R 对象不可子集
【发布时间】：2014-02-23 23:53:32
【问题描述】：

我正在使用区间删失数据进行生存分析，并尝试使用 incox 包中的 intcox() 函数进行 Cox 回归。我已经使用 survfit() 完成了部分分析，一切正常。

当我尝试使用 intcox 时，总是有一个问题：

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~dados$sexo)
Error in copy.data[ord, ] : 
  object of type 'environment' is not subsettable

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados)
Error in if (any(derivs.wert$g1 <= 0)) { : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In Surv(data$mix, lokal.cens) : Invalid status value, converted to NA
2: In coxph(formula, data) : X matrix deemed to be singular; variable 1

dados$sexo 是一个具有三个级别的因子，dados 是一个包含 156 个观察值和 52 个变量的列表。进行 Kaplan-Meier 分析或在没有区间数据的情况下使用 coxph() 时没有问题。当我使用其他变量时，问题似乎是一样的。
我正在使用 R 3.0.1

**更新**
我没有改变任何东西，现在错误看起来像这样：

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~dados$sexo)
Error in intcox(Surv(tempo2, tempo1, type = "interval2") ~ dados$sexo) : 
  Invalid cens status

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados)
Error in intcox(Surv(tempo2, tempo1, type = "interval2") ~ sexo, data = dados) : 
  Invalid cens status

【问题讨论】：

我相信您的第一行语法无效。在第二个版本中，Surv 返回的 NA 很可能是导致您的错误消息的原因。如果那是因为您有一个奇异矩阵（第二个警告），那么您使用的工具与您的数据集不兼容。
@Carl Witthoft 我几乎可以肯定两个版本的含义相同。如果我单独运行 Surv(tempo2,tempo1,type="interval2") ，结果就是预期的（Surv 对象）。我认为可能是错误源的唯一可能性是我混合了审查数据（右审查、间隔审查和非审查）并且文档没有提到这种情况，尽管它说接受间隔 2 类型的 Surv 对象。

标签： r survival-analysis cox-regression

【解决方案1】：

对于你的第一个问题，

>intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados)
Error in if (any(derivs.wert$g1 <= 0)) { : 
missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In Surv(data$mix, lokal.cens) : Invalid status value, converted to NA
2: In coxph(formula, data) : X matrix deemed to be singular; variable 1

这是由于您的变量是数据框中其他变量的线性组合，这使得 X 矩阵非奇异，正如第二个警告所暗示的那样。

coxph 可以通过将这些变量的系数设置为 NA 来处理这个非奇异问题。然而，不幸的是，这个 intcox 包不是很健壮。一种解决方案是首先使用一些线性模型找出这些变量，然后从数据框中消除它们。那你走吧。

第二个问题，

> intcox(Surv(tempo2,tempo1,type="interval2")~sexo, data=dados)
Error in intcox(Surv(tempo2, tempo1, type = "interval2") ~ sexo, data = dados) : 
  Invalid cens status

可能您没有以正确的方式制定数据集。我无法提供更多帮助，因为您没有提供有关变量 tempo1 和 tempo2 含义的更多信息。

【讨论】：