基于显着性检验抑制qgraph中的边缘答案

【问题标题】：Suppressing edges in qgraph based on significance test基于显着性检验抑制qgraph中的边缘
【发布时间】：2018-07-21 19:15:56
【问题描述】：

我正在使用qgraph（我比 igraph 更喜欢它）进行网络可视化。当试图只绘制重要的边缘时，我发现了两个问题：使用推荐的选择参数graph="sig" 的方式，我收到以下错误消息：

qgraph 中的错误(gm_cor, graph = "sig", layout = "spring", diag = FALSE, : 'graph' 参数必须是 'default'、'cor'、'pcor'、'association'、'concentration'、'glasso' 或 'factorial' 之一 ...

到目前为止，我刚刚使用了似乎工作正常的解决方法"OmitInsig = T" (alpha =0.05)，但现在我将一些更简单的图表与我使用生成的实际 p 值矩阵进行了比较

pvaluematrix <- cor.mtest(mydata, conf.level = .95)

并看到 qplot 绘制了一些根据 cor.mtest 不显着的边缘。

以前有没有人遇到过类似的问题，你是怎么解决的？

编辑：添加示例：

ex<- mydata

ex_cor <- cor(ex, use="pairwise.complete.obs", method = "spearman")
library(qgraph)
#graph with everything
qgraph(ex_cor, layout="spring", diag = FALSE, cut = NULL,legend.cex = 0.1,vsize = 6)
#omit insig edges
qgraph(ex_cor, OmitInsig = T, layout="spring", diag = FALSE, cut = NULL,legend.cex = 0.1, vsize = 6)

#pvalue test
PV_ex <- cor.mtest(ex, conf.level = .95)

#corrplot to check, insig = white 

corrplot(ex_cor, method="color", col=col(200),  
     type="upper", 
     addCoef.col = "black", 
     tl.col="black", 
     tl.srt=45,
     p.mat = PV_ex$p, 
     sig.level = 0.05, 
     insig = "blank", 
     number.cex = .5, 
     tl.cex=0.5,
     diag=FALSE

)

当您查看图片时（对不起，只是一些丑陋的图片），您可以看到在 corrplot 中只有 6 个相关性具有统计显着性，并且都是正相关性。它与 qgraph 图不匹配。

1) 绘制所有相关性的图表：

2) 省略 insig

3) 关联图

示例数据集：

dput(ex)
structure(list(`Ex 1` = c(5, 7, 2.5, 1.5, 4, 6, 1.5, 6, 5, 3, 
6.5, 3, 3.5, 2.5, 3, 5, 6, 5), `Ex 2` = c(6.33333333333333,   6.33333333333333, 
3.33333333333333, 2.33333333333333, 4.33333333333333, 6.33333333333333, 
3, 5, 5, 3.33333333333333, 6.66666666666667, 1.66666666666667, 
5.33333333333333, 3.33333333333333, 3.66666666666667, 5, 6.33333333333333, 
4.33333333333333), `Ex 3` = c(5, 3.5, 1, 1.5, 3, 5, 2, 3, 3.5, 
4, 4, 1, 5, 4, 5, 5, 1, 3), `Ex 4` = c(3.5, 2.75, 4.5, 1.25, 
2.25, 4.75, 2.5, 2, 4.75, 3, 5.5, 2.5, 2.5, 4.25, 2.75, 3, 3.5, 
2.75), `Ex 5` = c(1, 7, 2, 2, 2, 3.5, 1, 2.5, 4.5, 2.5, 4, 2, 
4, 1, 1, 6, 3, 1.5), `Ex 6` = c(8.41e-05, 8.16e-05, 8.49e-05, 
0.000125, 0.000135, 4.62e-05, 4.64e-05, 4.85e-05, 8.18e-05, 9.44e-05, 
0.000109, 6.88e-05, 0.000122, 7.65e-05, 0.000137, 7.8e-05, 9.36e-05, 
0.000141), `Ex 7` = c(0.02628, 0.02426, 0.028039, 0.021506, 0.023061, 
0.021795, 0.020488, 0.016785, 0.018643, 0.021707, 0.018733, 0.032717, 
0.033509, 0.042533, 0.026909, 0.026548, 0.034087, 0.029264), 
`Ex 8` = c(1.052439, 0.636406, 1.315246, 0.721578, 0.559826, 
1.03999, 0.607681, 0.936228, 0.765054, 0.706559, 0.323774, 
0.339698, 0.845651, 1.267697, 0.50732, 0.720105, 0.878671, 
0.603074), `Ex 10` = c(0.000278, 0.003408, 0.000747, 0.157508, 
0.001054, 0.000322, 0.000958, 0.000588, 0.00051, 0.00099, 
0.000849, 0.003381, 0.000423, 0.000321, 0.000993, 0.000805, 
0.001094, 0.001465), `Ex 11` = c(2523, 6313, 6125, 556, 904, 
2313, 6796, 7766, 3769, 7950, 3043, 6817, 1790, 1648, 5485, 
2760, 3191, 4595), `Ex 12` = c(5501, 6543, 6157, 1222, 483, 
7410, 4552, 5825, 7630, 3798, 19666, 4432, 1780, 2005, 3095, 
2386, 2249, 3252), `Ex 13` = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Ex 14` = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 
1, 0, 8, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0)), .Names = c("Ex 1", 
"Ex 2", "Ex 3", "Ex 4", "Ex 5", "Ex 6", "Ex 7", "Ex 8", "Ex 10", 
"Ex 11", "Ex 12", "Ex 13", "Ex 14"), row.names = c(NA, -18L), class =   c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"), na.action = structure(c(3L, 4L, 5L, 6L, 
8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 14L, 16L, 19L, 21L, 22L, 24L, 25L, 26L, 
29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 38L, 41L, 43L, 44L, 46L, 
48L, 49L, 51L, 52L), .Names = c("3", "4", "5", "6", "8", "9", 
"10", "11", "12", "14", "16", "19", "21", "22", "24", "25", "26", 
"29", "30", "31", "32", "33", "34", "35", "36", "38", "41", "43", 
"44", "46", "48", "49", "51", "52"), class = "omit"))

【问题讨论】：

您能否添加一个小示例来说明问题 - 比如说使用功能帮助页面中的示例，谢谢
帮助页面确实显示 “过时且受支持的选项有限”，尽管它确实会引发错误。使用mode="sig" 做你想做的事吗？
mode = "sig" 搞砸了。我在原始问题中添加了三张图片。
我认为这是一个找到正确论点的案例...添加示例chat.stackoverflow.com/rooms/164928/herbert
如果您在帮助页面中查看 ?qgraph ，OmitInsig 未列出 - 也许它已被弃用。但是在计算显着性时，qgraph 使用 psych::corr.p，默认情况下会纠正多重测试。这就是为什么在示例中，我添加了bonf=FALSE。因此，如果 corr.mtest 不调整 p 值，就会出现差异。

标签： r graph r-qgraph

【解决方案1】：

必须使用 threshold="sig" 而不是 graph="sig"。 qgraph 和 corrplot 之间删除边的不一致是因为 qgraph 使用 psych 包中的 corr.p 函数来计算 p 值，而 corrplot 的 cor.mtest 使用 cor.test。这个例子使用了当你从 big5 数据中提供两个变量时运行的确切代码，你可以剖析 qgraph() 和 corrplot 的 cor-mtest() 来检查：

library(psych)
library(qgraph)
library(corrplot) 
data(big5)
big5.df<-data.frame(big5,stringsAsFactors = FALSE)
#qgraph()-computs p-value using this code 
psych::corr.p(cor(big5.df[,c(1,2)]),n = nrow(big5.df), adjust = "none", alpha = 
0.05)$p
#result
#N1 0.00000000000 0.00002987412
#E2 0.00002987412 0.00000000000

#or simply 0.00002987412

#cor-mtest() does this:
cor.test(big5.df[,2],big5.df[,3])$p.value
#p-value is 0.06405597

【讨论】：