【问题标题】：Setting specific nodes and edges to create a graph network设置特定节点和边以创建图网络
【发布时间】：2017-10-14 01:01:10
【问题描述】：

我有这个数据集：

article1    article2    article3
R1  R1  R20
R2  R13 R5
R3  R7  R21
R4  R8  R22
R5  R14 R8
R11 R15 R23
R12 R9  R24
R6  R10 R25
    R2  R10
    R6  R9
    R16 R26
    R17 R27
    R4  R28
    R18 R29
    R19 R3
        R30
        R31
        R1
        R32
        R7
        R33

我想使用 igraph 创建一个图网络，并将文章 1、2、3 作为节点，并将 R1、2、...

如何在 igraph 中设置节点和边并生成图形。

我已经计算了数据集中每个 R 的频率，这里是列表：

R   frequency
R1  3
R2  2
R3  2
R4  2
R5  2
R6  2
R7  2
R8  2
R9  2
R10 2
R11 1
R12 1
R13 1
R14 1
R15 1
R16 1
R17 1
R18 1
R19 1
R20 1
R21 1
R22 1
R23 1
R24 1
R25 1
R26 1
R27 1
R28 1
R29 1
R30 1
R31 1
R32 1
R33 1

【问题讨论】：

阅读有关从“宽到长”重塑数据的信息，然后参阅igraph::graph_from_data_frame()。
@zx8754 谢谢。我会试试看。但是为什么我需要“从宽到长”——如果我没记错的话，这就是融化？
是的，melt，有关更多选项，请参阅此帖子：wide to long format。用图来表示关系，难道不需要文章1、2、3是怎么连接的吗？
@zx8754 是的，这就是我需要的，但因为我不知道如何将数据塑造为边和节点的输入，这就是我寻求帮助的原因。任何帮助作为示例将对我开始很有帮助。谢谢

标签： r igraph

【解决方案1】：

试试这个例子：

library(dplyr)
library(tidyr)
library(igraph)

graphDat <- df1 %>% 
  gather(key = "From", "To", na.rm = TRUE) %>% 
  graph_from_data_frame()

plot(graphDat)

这里是更多 network plot options 的重要资源。

数据

df1 <- read.table(text = "article1  article2    article3
R1  R1  R20
                  R2    R13 R5
                  R3    R7  R21
                  R4    R8  R22
                  R5    R14 R8
                  R11   R15 R23
                  R12   R9  R24
                  R6    R10 R25
                  NA    R2  R10
                  NA    R6  R9
                  NA    R16 R26
                  NA    R17 R27
                  NA    R4  R28
                  NA    R18 R29
                  NA    R19 R3
                  NA    R30 NA
                  NA    R31 NA
                  NA    R1  NA
                  NA    R32 NA
                  NA    R7  NA
                  NA    R33 NA
                  ", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

【讨论】：