【问题标题】:How to let Cytoscape.js automatically create a layout like what Cytoscape creates?如何让 Cytoscape.js 自动创建像 Cytoscape 创建的布局?
【发布时间】:2017-07-24 17:47:11
【问题描述】:

在使用 Cytoscape.js 之前,我使用 Cytoscape 进行生物网络可视化。

Cytoscape 能够使用其内部布局算法从我们的网络文件创建自动布局。布局布局非常合理——相互连接的节点就近放置,节点分布很好,中心节点放置在每组节点的中心,这对生物网络非常有利,因为有如此多的节点和节点之间的如此多的连接。

现在我正在使用 Cytoscape.js。我希望 Cytoscape.js 自动创建像 Cytoscape 创建的布局。我尝试使用所有不同的布局选项(“random”、“grid”、“cose”、“circle”、“breadthfirst”),但它们都没有创建像 Cytoscape 那样的布局。

我不会为生物网络编写我们自己的布局放置算法(这很重要)。

但我们需要使用 Cytoscape.js 而不是 Cytoscape,因为我们需要将我们的分子网络工作流程放在网站上(并在网站上可视化网络结果)。

所以我的问题是:我们如何让 Cytoscape.js 自动创建像 Cytoscape 创建的布局?

非常感谢您!

【问题讨论】:

  • 你也试过concentric吗?
  • 感谢您的建议!但是“同心”布局将节点定位在同心圆中,基于您指定的将节点划分为级别的度量。我不希望节点被放置在圆圈中。

标签: cytoscape.js cytoscape


【解决方案1】:

Cytoscape 桌面可以做出很多图书馆不能或不应该做的假设。如果您使用像 Cytoscape.js 这样的库,则需要为 Cytoscape 桌面可以做出假设的内容设置显式选项。

查看强制导向的布局。它们在文档中进行了描述,但我将在此处进行概述:

  • cose : 内置,非常快,对文件大小的影响很小,但需要相当精确地设置选项以获得良好的结果 (e.g.)
  • cose-bilkent:具有更多增强功能的 CoSE 算法版本,针对生物网络进行了优化,速度稍慢,文件大小更大,无需太多或任何修补即可提供很好的结果 (e.g.)
  • cola:适用于大多数图表 (e.g.)
  • spread : 快速、集群案例不希望启用第二阶段
  • springyarbor :基本,通常需要大量修补,即使修补结果也可能很差

大多数布局不是内置的,因为 Cytoscape.js 是一个库。 (当不是每个人都需要大文件时,强迫每个人都包含大文件是不公平的。)

有关详细信息,请参阅

【讨论】:

    猜你喜欢
    • 2023-03-11
    • 2013-07-09
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    • 1970-01-01
    相关资源
    最近更新 更多