使用带有 x 和 y 的数据框填充矩阵

Question

R 问题：我想使用一列中 x 坐标和第二列中 y 坐标的数据框来填充矩阵。然后heatmap() 将使用该矩阵来创建树状图。

这是一个例子：

> head(S1)
  DB_num AD_num
1      2   8060
2      7   3553
3      8   4812
4     13   7745
5     24   3315
6     24   6012

如果可能的话，我还需要知道如何制作矩阵。数据框的最大值是 15,490，所以我猜矩阵必须是 15,490 x 15,490。由于矩阵很大 我猜它必须用 NA 而不是零填充？

Answer 1

mtx <- matrix(NA, 15490 , 15,490)
mtx[ as.matrix(S1) ] <- 1   # two column matrix can be used to index

如果这是您的策略，您将需要拥有足够的机器资源。它不适合大多数 4GB 设备，或者它可能适合但如果你尝试用它做任何事情就会耗尽内存。除非使用 pkg::Matrix 中的稀疏矩阵，否则填充 NA 不会节省空间。我仍然相信你需要统计建议多于编码建议，即使你似乎已经删除了这个问题的早期版本。我确实认为这是构建分类结构的明智之举。