【问题标题】:MATLAB Heatmap dendrogram not showing column names when there are many names当有很多名称时,MATLAB Heatmap 树状图不显示列名
【发布时间】:2017-10-08 00:21:03
【问题描述】:

我有一个基于三种不同实验条件(α、β 和 γ)的蛋白质和每种蛋白质的值的列表。包含这些值的数组称为“heatmap_data”。蛋白质的名称在名为:'text'的数组中

我生成了一张热图:

rows = ['ALPHA' ;'BETA '; 'GAMMA']
rowscell = cellstr(rows)
dm=DataMatrix(heatmap_data,rowscell,text);
cg = clustergram(dm,'Standardize','none');
cgAxes =plot(cg);
set(cgAxes, 'Clim', [-1,1])

当蛋白质列表很短时,我得到了预期的热图,显示 x 轴的标签

但是,当列表扩展到数百个时,名称就会消失。

我可以理解标签可能不适合短空间,但如果它们是写的,我可以减小字体大小,或扩大树状图等

我的问题:有没有办法强制 MATLAB 显示列名,即使它们重叠,或者我可以按照树状图排序的相同顺序保存名称的函数,以便我可以识别每个簇中的蛋白质?

谢谢

【问题讨论】:

    标签: matlab heatmap dendrogram rowname


    【解决方案1】:

    好的,我发现了这个: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ref/clustergram.html

    RowLabelsValue 数字向量或字符向量元胞数组 标记树状图和热图中的行。默认是一个向量 值 1 到 M,其中 M 是 Data 中的行数。注意:
    如果行标签的数量为 200 或更多,则不会出现标签 除非您放大图,否则在聚类图图中。

    现在,如果我放大,我可以看到名字。

    【讨论】:

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