关于树状图的一些问题 - python (Scipy)答案

【问题标题】：Some questions on dendrogram - python (Scipy)关于树状图的一些问题 - python (Scipy)
【发布时间】：2012-03-31 07:20:21
【问题描述】：

我是 scipy 的新手，但我设法得到了预期的树状图。我还有一些问题；

在树状图中，一些点之间的距离是0，但不是由于图像边框可见。如何删除边框并制作 y轴的下限为-1，以便清晰可见。例如这些点之间的距离是0 (13,17), (2,10), (4,8,19)
如何在特定距离上修剪/截断。例如修剪0.4
如何将这些集群（修剪后）写入文件

我的python代码：

import scipy
import pylab
import scipy.cluster.hierarchy as sch
import numpy as np

D = np.genfromtxt('LtoR.txt', dtype=None)
def llf(id):
    return str(id)
fig = pylab.figure(figsize=(10,10))
Y = sch.linkage(D, method='single')
Z1 = sch.dendrogram(Y,leaf_label_func=llf,leaf_rotation=90)
fig.show()
fig.savefig('dendrogram.png')

树状图：

谢谢。

【问题讨论】：

标签： python scipy cluster-analysis dendrogram

【解决方案1】：

1.fig.gca().set_ylim(-0.4,1.2)这里gca()返回当前axes对象，所以你可以给它一个名字

ax=fig.gca()
ax.set_ylim(-0.4,ax.get_ylim()[1])

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以使用fcluster 修剪树状图并获取您的集群。在 0.4 的距离处修剪：

clusters = sch.fcluster(Y,t = 0.4,criterion = 'distance')
生成的数组 (clusters) 包含数据中每个观察值的集群标签。您可以使用numpy.savetxt 编写数组：

np.savetxt('clusters.txt', clusters, delimiter=',')

【讨论】：

【解决方案3】：

显示边框是因为轴。因此，您可以使用以下命令删除边框：

fig = plt.figure(figsize=(10, 8))
ax2 = fig.add_axes([0.3, 0.71, 0.6, 0.2])
Y = sch.linkage(D, method='ward')
Z2 = sch.dendrogram(Y)
ax2.set_xticks([])
ax2.set_yticks([])
ax2.axis('off')

ax.axis('off') 隐藏边框。

【讨论】：