wilcox.test 在闪亮时不起作用

Question

我正在尝试构建一个“数据浏览器”闪亮的应用程序，其中包含 DataTables、ggplot2 图表和 wilcox.test 结果。我似乎无法让 wilcox.test 工作。

在闪亮的应用程序之外，一切正常：

dat <- data.frame(outcome=sample(c("died","survived",NA), 20, TRUE),
       cntr=sample(c("hospa","hospb"), 20, TRUE), 
       s=rnorm(20), 
       t=rnorm(20), stringsAsFactors=FALSE)     

wilcox.test(dat$s ~ dat$outcome)

结果：

Wilcoxon 秩和检验

数据：dat$s by dat$outcome W = 25，p 值 = 0.3301 备择假设：真实位置偏移不等于0

在闪亮的应用程序中，下面的代码给出了“错误：分组因子 > 必须恰好有 2 个级别”。 （图表可以正常工作；为了清楚起见，我省略了这些）。

    library(shiny)
    library(dplyr)

    dat <- data.frame(outcome=sample(c("died","survived",NA), 20, TRUE),
       cntr=sample(c("hospa","hospb"), 20, TRUE), 
       s=rnorm(20), 
       t=rnorm(20), stringsAsFactors=FALSE)

    ui <- navbarPage(
          sidebarLayout(
            sidebarPanel(
             selectInput(inputId = "y", 
              label = "Y-axis:",
              choices = c("s"="s", "t"="t"), 
              selected = "s"),
             selectInput(inputId = "z", 
              label = "Color by:",
              choices = c("outcome", "cntr"),
              selected = "outcome")
                  ),

            mainPanel(
             tabsetPanel(id="tabspanel", type = "tabs",
              tabPanel(title = "Wilcox"),
              h4(textOutput(outputId = "p")))
                   )
                  )
                 )

    server <- function(input, output, session) {
                 df <- reactive({
                              data.frame(input$y, input$z)
                          })

                 output$p <- renderText({
                                 wilcox.test(df()[,1] ~ df()[,2])
                                    })

                                              }

    shinyApp(ui=ui, server=server)

如果代码被重写：

    wilcox.test(dat$s, dat$outcome)

那么错误是'错误：'x'必须是数字'。

有人可以帮忙吗？

Answer 1

Gregor 的猜测非常准确；以下来自服务器代码的 sn-p：

    dat_subset <- reactive({
        req(input$selected_type) 
         filter(dat, outcome %in% input$selected_type)
          })

    output$scatterplot <- renderPlot({
         ggplot(data = dat_subset(), aes_string(x = input$x, y = input$y, color = input$z)) + geom_boxplot() + labs()
          })

    output$nsdtable <- DT::renderDataTable({
            DT::datatable(data = dat_subset()[, 1:4], 
              options = list(pageLength = 10), 
              rownames = FALSE)
          })

Answer 2

你遇到的问题是这条线

data.frame(input$y, input$z)

被翻译成类似的东西

data.frame("s", "outcome")

wicox.text 无法合理处理。您应该改用以下内容

data.frame(dat[[input$y]], dat[[input$z]])

还有其他一些小问题。请参阅下面的代码以获取完整修复。

library(shiny)
library(dplyr)

dat <- data.frame(outcome=sample(c("died","survived",NA), 20, TRUE),
                  cntr=sample(c("hospa","hospb"), 20, TRUE), 
                  s=rnorm(20), 
                  t=rnorm(20), stringsAsFactors=FALSE)

ui <- navbarPage(
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      selectInput(inputId = "y", 
                  label = "Y-axis:",
                  choices = c("s"="s", "t"="t"), 
                  selected = "s"),
      selectInput(inputId = "z", 
                  label = "Color by:",
                  choices = c("outcome", "cntr"),
                  selected = "outcome")
    ),

    mainPanel(
      tabsetPanel(id="tabspanel", type = "tabs",
                  tabPanel(title = "Wilcox",
                  verbatimTextOutput(outputId = "p")))
    )
  )
)

server <- function(input, output, session) {
  df <- reactive({
    data.frame(dat[[input$y]], dat[[input$z]])
  })

  output$p <- renderPrint({
    wilcox.test(df()[,1] ~ df()[,2])
  })

}

shinyApp(ui=ui, server=server)