将“.test”输出写入文件，使用 R 程序（例如）来 write.table？答案

【问题标题】：writing a ".rtest" output to file, using the R program (ex) via write.table?将“.test”输出写入文件，使用 R 程序（例如）来 write.table？
【发布时间】：2011-03-22 05:06:34
【问题描述】：

我正在使用 R 以特定的成对方式打开一些保存的 .csv 文件并执行统计测试（mantel.rtest，在包“ade4”中找到）。 .csv 文件按顺序命名为“fileAX”或“fileBY”，其中 X 和 Y 是整数。

我想将此测试的结果保存在一个文件中，但遇到了一些问题。

这是代码（请原谅“粘贴”的低效用法：

library(ade4)

x <- 1:15; y <- 1:15

filename1 <- paste(paste(c("fileA"), 1:15, sep = ""), ".csv", sep = "")
filename2 <- paste(paste(c("fileB"), 1:15, sep = ""), ".csv", sep = "")

for (i in seq(along=x)) {
  M1 <- read.table(paste("C:\\scripts\\", filename1[i], sep = ""), header = FALSE, sep = ",")

  for (j in seq(along=y)) {

    M2 <- read.table(paste("C:\\scripts\\", filename2[j], sep = ""), header = FALSE, sep = ",")

    mantelout <- mantel.rtest(dist(matrix(M1, 9, 9)), dist(matrix(M2, 9, 9)), nrepet = 99)

    write.table(mantelout, file = "C:\\results\\mantelout") 

  }
}

尝试这样做会导致以下错误消息：

**Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
  cannot coerce class '"rtest"' into a data.frame**

我尝试使用“unlist”和“as.vector”等各种功能将“mantelout”转换为更友好的格式，但无济于事。有什么想法吗？

谢谢，哇

编辑：我应该注意，这个测试在 R 环境中的输出如下所示：

Monte-Carlo test
Observation: 0.5324712
Call: mantel.rtest(m1 = dist(matrix(M1, 9, 9)), m2 = dist(matrix(M2, 9, 9)), nrepet = 99)
Based on 99 replicates
Simulated p-value: 0.01"

【问题讨论】：

标签： r dataframe coerce

【解决方案1】：

使用str(rtest) 查看rtest 对象的结构：它不适合data.frame 也就不足为奇了。试着把它放在一个列表中。您可以使用save(my.list, file="mylist.RData") 将列表保存为文件，稍后使用load("mylist.RData") 重新加载。

【讨论】：

再次感谢。有没有一种简单的方法可以将输出（如“打印”测试结果后在 R 编辑器中显示的信息中）保存为文本文件？
你确定你需要那个吗？如果是这样，您最好使用您感兴趣的 rtest 对象的属性构建您自己的 data.frame。但是对于查看分析结果，R 对象更好，因为摘要基础的数据也可用于如果你需要它。
我不知道如何将屏幕输出转储到 R 中的文件中，除非使用 unix 重定向（我从您使用 windows 的其他问题中的文件路径收集）。这将是一个很好的问题......

【解决方案2】：

您可以使用capture.output + writeLines 组合：

# example from help("lm")
ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2,10,20, labels=c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)

writeLines(capture.output(lm.D9), file="my analysis.txt")

你的情况应该是：

writeLines(capture.output(mantelout), file = "C:\\results\\mantelout")

【讨论】：