如何将 Rmarkdown 文件编入嵌入绘图的 html 文件中？答案

【问题标题】：How can I knit a Rmarkdown file into a html file which embeds plots?如何将 Rmarkdown 文件编入嵌入绘图的 html 文件中？
【发布时间】：2020-08-02 12:37:57
【问题描述】：

在一个 Rmd 文件中，有几个地方会生成绘图，例如

```{r outliers}
influencePlot (model1)
```

我通过在 R 会话中运行，将文件编织成一个 html 文件和目录 ./figure/ 下的几个图像文件

> library(knitr)
> knit("my.Rmd")

然后在 bash 会话中运行

$ pandoc my.md -f markdown -t html -s -o my.html

但 html 文件没有嵌入图像文件中的绘图，例如：

<img src="figure/outliers-1.png" alt="plot of chunk outliers" />

我想知道如何使 html 文件嵌入图像文件中的图并变得独立？

在 RStudio 中，当我点击“knit to html”按钮时，它会将绘图图像嵌入到 html 文件中，例如

<p><img src="data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhE...

RStudio 的“knit to html”按钮的等效命令是什么？

谢谢。

【问题讨论】：

您能否提供一个最小的可重现的 Rmd 示例？我刚刚检查了一个简单的 Rmd。 knitting 和 pandocing 都运行良好，并且在 html 中显示了图表。
为什么不使用rmarkdown::render()？
@stefan：查看我的更新。将绘图嵌入到 html 文件中意味着什么。问题的本质是，我从 Rmd 创建 html 的方式不会在 html 文件中嵌入绘图，无论它们是什么 Rmd 文件。 RStudio 的“knit to html”按钮将绘图嵌入到 html 文件中。 RStudio 的“knit to html”按钮的等效命令是什么？
@J_F rmarkdown::render() 和 knitr:knit() 有什么区别？默认情况下，使用前者不会在 html 文件中嵌入绘图。
@蒂姆。嗯。好的。现在，正如您指出的那样，我明白您的意思。如果您正在寻找 knit+ pandoc 解决方案以获得与按下编织按钮相同的输出，恐怕我不知道这一点。但是，如果您只是在寻找 knit 按钮的命令行版本，那么我认为 @J_F 是正确的。只需使用rmarkdown::render。与针织按钮图一样，在 html 中嵌入为 <img src="data:image/png;base64,...>

标签： r r-markdown knitr

【解决方案1】：

RStudio 的“knit to html”按钮的等效命令是什么？

在 YAML 标头中提交您的输出，然后使用

rmarkdown::render("Your-RMD-file.Rmd")

或查看渲染函数及其参数的文档。

【讨论】：