【问题标题】:After submitting a .m batch job with Slurm, can I edit my .m file without changing my original submission?使用 Slurm 提交 .m 批处理作业后,我可以在不更改原始提交的情况下编辑我的 .m 文件吗?
【发布时间】:2015-11-19 21:06:11
【问题描述】:

假设我要在集群上运行一个作业:job1.m

Slurm 处理批处理作业,我正在加载 Mathematica 以保存输出文件 job1.csv

我提交了 job1.m,它在队列中。现在,我编辑 job1.m 以具有不同的变量和参数,并告诉它将数据保存到 job1_edited.csv。然后我重新提交job1.m。

现在队列中有两个批处理作业。

我的输出文件会怎样? job1.csv 会是原始 job1.m 文件中的数据吗? job1_edited.csv 会是来自已编辑文件的数据吗?还是 job1.csv 和 job1_edited.csv 是相同的输出?

:(

提前致谢!

【问题讨论】:

  • 请注意,batch-file 标签用于完全不同且与您的问题无关的内容。我把这样的标签改成了batch-processing一个。
  • 你为什么不测试这个?使用调试队列,并提交打印语句“原始作业文件”,然后将其更改为“修改后的作业文件”并提交。

标签: wolfram-mathematica batch-processing slurm


【解决方案1】:

我假设job1.m 是一个 Mathematica 作业,从 Bash 提交脚本内部运行。在这种情况下,job1.m 在作业开始时被读取,因此如果在提交之后但在作业开始之前对其进行了修改,则修改后的版本将运行。如果在作业启动后修改,将运行原始版本。

如果job1.m 是提交脚本本身(因此您运行sbatch job1.m),该脚本将复制到特定于作业的假脱机目录中,因此如果在提交作业后对其进行修改,它仍将运行原始版本。

无论如何,为了重现性和可追溯性,最好使用FireworksBosco 等工作流管理器

【讨论】:

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