在文件头中插入部分文件名答案

【问题标题】：Insert part of the file name in headers of the file在文件头中插入部分文件名
【发布时间】：2018-09-07 01:51:50
【问题描述】：

我想在我的文件中插入文件标题的一部分。

文件标题是

GeneName_something.fas。

我的文件格式如下：

'>物种
atgaatatagatata
'>物种b
atagtagctatgat

我想在物种名称之后插入基因名称。输出将是：

'>物种基因名称
atgaatatagatata
'>物种b-基因名称
atagtagctatgat

我想将 bash 与 awk 或 sed 一起使用，并在我的文件夹中将其作为循环运行。谢谢

【问题讨论】：

add text at the end of each line的可能重复

标签： bash awk sed gawk file-rename

【解决方案1】：

使用 GNU awk（BEGINFILE 可以替换为 FNR==1，但我使用的是 -i inplace）：

$ awk '
  BEGINFILE { split(FILENAME,f,"_") }  # split filename on _
  /^\47/ { $0=$0"-"f[1] }              # add to quote-starting records
  1' GeneName_something.fas            # output
'>Speciesa-GeneName
atgaatatagatata
'>Speciesb-GeneName
atagtagctatgat

此版本将更改的数据输出到标准输出，但您可以使用awk -i inplace 就地编辑文件（请参阅here）。

注意，没有检查GeneName 实际存在的文件名。如果它不存在，无论如何都会添加-。

【讨论】：

您好，谢谢。我试过了，但它不工作。你能解释一下 /^\47/ 部分吗？ 47是什么？也许可以解释为什么这不起作用。事实上，我的线路是这样开始的 >Speciesa。没有'（不知道如何在stackoverflow上正确显示。
\47 是单引号 ' 在您的问题行中以它开头。如果他们以其他东西开头（可能是>），请将\47 替换为>。
是的，对不起，我的错。在工作，在忙。至少现在我知道 \47 = '
如果您坚持使用 awk，您将需要该信息。

【解决方案2】：

关注awks 也可以帮助您。

解决方案一：

awk 'FNR==1{val=FILENAME;sub(/_.*/,"",val)} />Species/{$0=$0"-"val;} 1' GeneName_something.fas

解决方案二：

awk 'FNR==1{val=FILENAME;sub(/_.*/,"",val)} />Species/{print $0"-"val;next} 1' GeneName_something.fas

【讨论】：