通过在 fasta 文件中添加“管道”来编辑标题

【问题标题】：Editing header by adding "pipe" in fasta file通过在 fasta 文件中添加“管道”来编辑标题
【发布时间】：2018-07-22 15:24:48
【问题描述】：

我想通过添加管道来编辑我在 fasta 文件中的标题，但无法这样做。标题是这样的

KX035646.1 名称：NADH 域 ATGCGGGGCTGC..

我想要这样的

sp|KX035646.1|名称:NADH域

所有序列的登录号都不同你能帮我做吗？谢谢

【问题讨论】：

标签： grep header editing fasta

【解决方案1】：

您可以尝试一个简单的 sed one 班轮：

cat test.fasta
>KX035646.1 Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..
ACGT
CTTT
>KX035646.2 Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..43214
GCAT

sed 's/^>\([a-zA-Z0-9.]\+\)\(.*\)/>sp|\1|\2/' test.fasta
>sp|KX035646.1| Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..
ACGT
CTTT
>sp|KX035646.2| Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..43214
GCAT

【讨论】：