我有一个嵌套文件结构，其中父文件夹包含多个不同类型数据的文件夹。我正在使用 ImageJ 宏脚本来批处理其中一个文件夹中的所有图像文件。我目前需要分别处理每个文件夹，但我想对文件夹进行批处理。我查看了多个文件夹的一些批处理，但似乎代码正在处理所有文件夹中的所有文件夹和文件。我只需要处理每个目录中的一个文件夹（都命名相同）。图像来自仪器，没有任何元数据，因此文件按原样保存以分隔实验，其中实验的所有数据都包含在父文件夹中。另外，我需要一个接一个地运行两个不同的脚本。如果我可以合并它们会很棒，但我也不知道该怎么做。
结构的一个例子是：
我目前正在每个“已处理”文件夹上单独运行我的宏。我想批处理每个“变量”文件夹中的每个“已处理”文件夹。
任何帮助将不胜感激，我对编码真的很陌生，我只是在努力尽可能地学习和自动化。
谢谢！
【问题讨论】：
标签： imagej imagej-macro fiji
您是否尝试过遇到的批处理脚本？阅读 ImageJ 提供的批处理示例让我相信它适用于您的示例。如果你还没有测试过，你应该这样做（你可以在你的实际宏的位置输入一个类似“print（list [i]）”的命令，同时测试你的文件查找部分是否正常工作。
要合并两个不同的脚本，最简单的选择是使它们成为单独的函数。即：
// function to scan folders/subfolders/files to find files with correct suffix
function processFolder(input) {
list = getFileList(input);
list = Array.sort(list);
for (i = 0; i < list.length; i++) {
if(File.isDirectory(input + File.separator + list[i]))
processFolder(input + File.separator + list[i]);
if(endsWith(list[i], suffix))
processFile(input, output, list[i]);
processOtherWay(input, output, list[i]);
}
}
function processFile(input, output, file) {
// Do the processing here by adding your own code.
// Leave the print statements until things work, then remove them.
print("Processing: " + input + File.separator + file);
print("Saving to: " + output);
}
function processOtherWay(input, output, file) {
// Do the processing here by adding your own code.
// Leave the print statements until things work, then remove them.
print("Processing: " + input + File.separator + file);
print("Saving to: " + output);
}
如果目标不是在完全相同的图像上运行它们，那么再次使它们成为独立的函数，并将脚本的文件夹排序部分分为两部分，一个用于功能 1，另一个用于功能 2。
【讨论】：
您始终可以只使用您拥有的代码并将其嵌套在另一个或两个 for 循环中。
numVariables = ;//number of folders of interest
for(i = 1; i <= numVariables; i++) //here i starts at 1 because you indicated that is the first folder of interest, but this could be any number
{
openPath = "Experiment1/variable" + i + "/processed";
files = getFileList(openPath);
for(count = 0; count < files.length; count++) //here count should start at 0 in order to index through the folder properly (otherwise it won't start at the first file in the folder)
{
//all your other code, etc.
}
}
我认为应该差不多了。
【讨论】：