Knitr：将块代码输出重定向到终端答案

【问题标题】：Knitr: redirect chunk code output to terminalKnitr：将块代码输出重定向到终端
【发布时间】：2013-11-29 07:44:43
【问题描述】：

我想监控嵌入在 knitr 文件中的一些相当冗长的并行计算。

计算依赖于我编写的包，相关函数使用 multicore 包中的 mclapply 进行并行化。此函数使用 utils 包中的 txtProgressBar 的稍微修改的实现输出进度条以监视计算的进度。每次 mclapply 的迭代完成时，进度条都会打印到终端并通过 fifo 连接进行更新。

这在从文件中获取或直接调用函数时工作正常，但我找不到让它在 knitr 中工作的方法。我已经尝试了相关的块选项，我可以将消息和警告重定向到终端，但不能重定向到进度条。任何人都可以帮忙吗？

很抱歉没有提供一个最小的工作示例，但我不知道如何在此设置中制作一个。

【问题讨论】：

标签： r multicore knitr fifo mclapply

【解决方案1】：

在阅读了 Yihui 的回答中关于将进度条打印到 stderr 的观点后，我建议将 stdout 临时重定向到 stderr 和 sink()。

sink(stderr())

your_code()

sink()

【讨论】：

这在您无法控制进度条的发送位置时很有帮助（例如，如果使用其他人的包，如 rstan）

【解决方案2】：

因为txtProgressBar() 写入stdout，而knitr 捕获stdout 中的所有内容，所以目前如果它是基于文本的并写入stdout，则显示进度条并不容易。也许我可以在内部使用evaluate::evaluate(debug = TRUE) 来实现您想要的，但我不完全确定这是否适用于文本进度条。

我目前的建议是：

使用基于 GUI 的进度条，例如 tcltk::tkProgressBar()

将进度写入其他地方，例如(ab)使用stderr

```{r progress}
pb = txtProgressBar(min = 0, max = 100, file = stderr())
for (i in 1:100) {
  setTxtProgressBar(pb, i)
  Sys.sleep(0.05)
}
close(pb)
```

或者在代码块之外使用你的函数，例如在内联表达式中（例如 Rnw 中的 \Sexpr{my_multicore_function()} 或 Rmd 中的 `r my_cool_fun()`），因为内联评估不会捕获标准输出

【讨论】：

感谢@Yihui 的回复，希望你能光临！我会按照你的第一个建议尝试一些事情，第二个建议意味着失去缓存计算的能力。抛开多核问题不谈，你知道有什么方法可以监控块内进行的计算状态吗？
或许你可以把进度写到其他地方，比如在一个文件里：txtProgressBar(..., file = 'progress_temp.txt')。或将其写入标准错误。我会更新我的答案。
感谢StdErr() hack，它易于实现并且创造了奇迹。虽然我在使用它，但感谢 knitr，它是我每天使用的一个很棒的工具。
@Yihui 有没有办法让 knitr 不捕获标准输出？我想运行 knitr 文档，但是当出现问题时，我看不到任何调试消息、警告、..
@YihuiXie "knitr 捕获标准输出中的所有内容" 据我所知，print(1+1) 是这样，但1+1 不是这样。在这种情况下，HTML 或 PDF 中没有任何输出。当然，如果在 python 控制台（2.7）中运行1+1，则会有输出。这是knitr的正常行为还是我做错了什么？