在没有 pygraphviz 的情况下将 networkx 图移植到 graphviz答案

【问题标题】：port networkx graph to graphviz without pygraphviz在没有 pygraphviz 的情况下将 networkx 图移植到 graphviz
【发布时间】：2018-04-26 05:17:05
【问题描述】：

我在 Windows 机器上使用 Python 3 工作，尽管付出了很多努力，但仍然无法安装 pygraphviz。单独讨论。

我有 networkx 和 graphviz 模块...是否有在 networkx 中构建网络图并提取为不使用 pygraphviz 的 graphviz 格式进行显示的范例？

drawing.nx_agraph 和 nx_agraph 中的所有相关功能似乎都需要 pygraphviz，但我已经习惯使用 networkx 并且喜欢其中的功能。在 networkx 的文档中，它甚至说他们专注于图形对象的开发，而不是实际显示。

【问题讨论】：

标签： networkx graphviz pygraphviz

【解决方案1】：

您可以使用 pydot (https://pypi.python.org/pypi/pydot) 作为 PyGraphviz 的纯 Python 替代品

In [1]: import networkx

In [2]: import sys

In [3]: G = networkx.path_graph(4)

In [4]: networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(G,sys.stdout)
strict graph  {
0;
1;
2;
3;
0 -- 1;
1 -- 2;
2 -- 3;
}

【讨论】：

【解决方案2】：

我知道这是一个老问题，但我一直在寻找同样的东西：如何从 NetworkX 中的图表中获取点符号？

（如果您只对答案感兴趣，请跳过这一段。我实际上想显示一个 NetworkX 多重图，但即使 NetworkX 是用于操作网络和图形的强大 python 库，它的选项也相当有限。来显示（渲染）图形和网络。NetworkX 使用 Matplotlib 提供可视化图形的基本功能，它没有可视化多图的选项。NetworkX 不用于可视化图形，所以在 NetworkX documentation 他们推荐使用一些图形可视化工具，Cytoscape、Gephi、Graphviz。所有这些工具都有某种 python 接口，但最好的（最简单易用的）是支持 DOT 语言的graphviz Graphviz drawing software 的一部分。在graphviz 中可视化图形非常简单方便，您可以使用一条短线，例如graph.view()，默认情况下会创建一个 PDF 文件并在系统的默认 PDF 查看器中打开它，但您也可以查看和创建图像文件，例如 SVG 和 PNG。因此，将 NetworkX 图转换为 graphviz 图是理想的，为此您需要将 NetworkX 图转换为 DOT 表示法，然后graphviz 可以读取。）

Aric 的解决方案很简单，可以打印出图形的 DOT 表示法，但这是一种 hack，而且在我的情况下，我需要将 DOT 表示法保存在字符串变量中，以便我可以使用它在 @ 中创建图形987654334@ 来自该 DOT 符号。

networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(source) 是一个创建 DOT 格式并将其保存到路径（文件句柄）的函数。这个函数的代码是：

@open_file(1, mode='w')
def write_dot(G, path):
    P = to_pydot(G)
    path.write(P.to_string())
    return

这给了我们答案：

from networkx import path_graph
from networkx.drawing.nx_pydot import to_pydot

G = path_graph(4)
dot = to_pydot(G).to_string()
print(dot)

函数to_pydot (source) 使用pydot 库创建pydot.Dot 对象，该对象具有to_string (source) 方法，以DOT 语言返回图形的字符串表示形式。

附：到graphviz 中的render a DOT source code 你可以这样做：

from graphviz import Source
src = Source(dot) # dot is string containing DOT notation of graph
src.view()

附：以下两张图片显示了使用Matplotlib（图像左侧）和graphviz（图像右侧）可视化图形networkx.margulis_gabber_galil_graph(3)时的差异：

【讨论】：