使用 NetworkX/PyGraphviz 绘制多重图：微调节点/边缘位置答案

【问题标题】：Plotting multigraphs with NetworkX/PyGraphviz: fine tuning node/edge position使用 NetworkX/PyGraphviz 绘制多重图：微调节点/边缘位置
【发布时间】：2019-04-13 13:26:15
【问题描述】：

我想使用 NetworkX 或多或少地重现下图（来自 F. Crick, Nature 227, 561 (1970)）：

我可以使用MultiDiGraph 重现底层图形：

import networkx as nx

g = nx.MultiDiGraph()
weakEdges = [('RNA', 'DNA'), ('RNA', 'RNA'), ('RNA', 'protein')]
strongEdges = [('DNA', 'DNA'), ('DNA', 'RNA'), ('DNA', 'protein')]
g.add_edges_from(weakEdges)
g.add_edges_from(strongEdges)

但显然内置的 matplotlib 绘图不支持平行边，这是正确的多重图所需要的。

另一方面，我可以将 g 转换为 PyGraphviz AGraph 并绘制：

a = nx.nx_agraph.to_agraph(g)
for etup in weakEdges:
    a.get_edge(*etup).attr['style'] = 'dashed'

a.draw('test2.png', prog='circo')

这与我想要的非常接近，但我无法弄清楚一些更精细的细节：

使用circo 布局，是否可以将“DNA”节点置于图顶部的中心？如果不是，如何控制每个节点的绝对位置？
如何调整自身边缘（例如“DNA”->“DNA”边缘）的位置，使其更接近原始图中的位置？

【问题讨论】：

标签： python networkx graph-theory graphviz pygraphviz

【解决方案1】：

一个简单的 Graphviz / dot 语法的小设置（将它提供给http://www.webgraphviz.com/ 并且可以看到结果）：

digraph X {
{rank=same; RNA Protein}
DNA -> RNA
DNA -> Protein
Protein -> RNA
DNA:n -> DNA:n
}

基本部分在这里：

:n 获取阵列的位置（其他可能性是其他风向，包括例如:nw）。
rank=same; 将提到的节点对齐在一行中

【讨论】：