使用自定义标签绘制矩阵 R答案

【问题标题】：Plot matrix with custom labels R使用自定义标签绘制矩阵 R
【发布时间】：2014-01-06 23:45:55
【问题描述】：

我必须使用 R 制作一个情节，但不知道该怎么做。想象一下：

sample_names = c("a","b","d","e","f","g","h","i","l","m")
M = cbind(seq(0,1,length.out=10), c(1,1,1,1,2,2,2,3,3,3))

M 是一个 2 列矩阵，其中第一列是连续测量值，第二列是与测量相关的标签（例如，1 代表“低”，2 代表“中”，3 代表“高”）。

我想要创建的基本上是一个垂直颜色条，左侧和右侧都有标签。颜色应代表连续测量的值。左边的标签是样本名称，右边的标签是对应的数据的“低”、“中”、“高”标签。

可能我希望颜色范围从绿色 (0) 到红色 (1)，深色约为 0.5。

如何使用 R 绘制这样的图表？

【问题讨论】：

看看：filled.contour(z=matrix(1:10,10,2), nlevels=10)，然后看看filled.contour用来绘制它的key的代码。

标签： r labels colorbar

【解决方案1】：

这是使用ggplot2的解决方案：

levels <- c('low','med','high')
df <- data.frame(
    sample = c("a","b","d","e","f","g","h","i","l","m"),
    value = seq(0,1,length.out=10),
    level = factor(levels[c(1,1,1,1,2,2,2,3,3,3)], level=rev(levels))
)    

# require(ggplot2)
# require(grid)
ggplot(data=df, aes(x=TRUE, y=sample, fill=value)) + geom_tile() +
scale_fill_gradientn(colours=c('green','black','red')) + 
facet_grid(level~., scales='free', space='free') +
scale_y_discrete(expand=c(0,0)) +
theme(panel.margin=unit(0.1,'mm'), axis.title=element_blank(), 
      axis.text.x=element_blank(), axis.ticks.x=element_blank(), 
      legend.title=element_blank())

【讨论】：

@LucaCerone，不客气。请注意，在您的示例中，样本的字母顺序对应于增加的数值。这在实际情况下不太可能，在这种情况下，ggplot2 会将样本视为因子并按字母顺序显示。为避免这种情况，最好先根据观察值对样本进行排名，然后使用df$sample <- factor(df$sample, level=df$sample) 将它们在数据框中的顺序保留下来。在 R 中，因子水平始终按字母顺序排列，除非通过 level 参数以不同方式指定。
我正好遇到了这个问题 :) 非常感谢您的友好解释！