ggplot2 热图：如何保留标签顺序？答案

【问题标题】：ggplot2 heatmap : how to preserve the label order?ggplot2 热图：如何保留标签顺序？
【发布时间】：2011-02-28 17:06:05
【问题描述】：

我正在尝试使用 csv 数据在 ggplot2 中绘制热图，遵循 casbon 中的解决方案

问题是 x-label 尝试重新排序。例如，如果我在该示例数据中交换标签 COG0002 和 COG0001，x-label 仍然按排序顺序出现（cog0001、cog0002、cog0003.... cog0008）。

有没有办法防止这种情况发生？我希望它像 csv 文件一样被订购

谢谢

【问题讨论】：

下面有很好的答案。这是一个警告，在调查这一点时，您可能会遇到“有序因素”。除非您知道自己在做什么，否则不要使用它。将级别按特定顺序排列和使用有序因子不是一回事。例如，有序因子会导致某些建模软件默认为多项式而不是处理效果。

【解决方案1】：

如果我记得，当使用默认级别参数调用 factor(x) 时，级别设置为级别 = sort(unique(x))。

您可以通过设置 levels = unique(x) 来覆盖此操作。

例如：

set.seed(1)
x = sample(letters, 100, replace = TRUE)
head(x, 5)

[1]“g”“j”“o”“x”“f”

levels(factor(x))

[1] “a” “b” “c” “d” “e” “f” “g” “h” “i” “j” “k” “l” “m” “n” “o " "p" "q" "r" "s"

[20]“t”“u”“v”“w”“x”“y”“z”

levels(factor(x, levels = unique(x)))

[1] “g” “j” “o” “x” “f” “y” “r” “q” “b” “e” “u” “m” “s” “z” “d " "k" "a" "w" "i"

[20]“p”“v”“c”“n”“t”“l”“h”

您可以看到设置 levels = unique(x) 保留了数据中的出现顺序。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您想直接从 csv 文件中保留订单：

foomelt$COG <- factor(foomelt$COG, levels = unique(as.character(foo[[1]])))

【讨论】：

【解决方案3】：

您是否尝试在绘图前重新排序因子水平？例如

foomelt$COG = factor(foomelt$COG,levels(foomelt$COG)[c(2,1,3:8)])

（我现在不能尝试，所以我不能确定它是否有效）

【讨论】：