ggplot2：轴不显示所有刻度/中断

Question

我目前正在使用 R 中的 ggpubr 包（基于 ggplot2）绘制数据。当我绘制包括标准误差在内的两个条件的平均值时，y 轴应限制在 1 到 7 之间，我表示使用：

p <- ggline(data, x = "condition", y = "measure", 
            add = c("mean_se"), 
            ylab = "Measure")
ggpar(y, ylim = c(1, 7), ticks=T, yticks.by = 1)

然而，在最终图中，y 轴仅显示 1 到 6 之间的值

我尝试使用本机 ggplot2 绘制相同的数据，但一旦我更改布局，问题仍然存在。 对于 ggplot2 我使用：

p <- ggplot(data, aes(x=condition, y=measure)) + 
geom_line() +
geom_point()+
geom_errorbar(aes(ymin=measure-se, ymax=measure+se), width=.2, position=position_dodge(0.05)) +
ylab("measure") +
xlab("Condition")
p + scale_y_continuous(name="measure", limits=c(1, 7), breaks=c(1:7))
p + theme_classic()

如果有人能帮我解决这个问题，那就太好了。

编辑： 正如 cmets 中所建议的，这是我尝试使用 ggplot2 绘制的数据：

structure(list(condition = structure(3:4, .Label = c("IC", "SC", 
"ILC", "SLC"), class = "factor"), measure = c(4.10233918128655, 3.83040935672515
), se = c(0.235026318386523, 0.216811675834834)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-2L))

Answer 1

解决方案要简单得多。你做的一切都是对的！除了一处笔误。这是发生了什么：

首先，你生成你的初始情节，很好。

p <- ggplot(data, aes(x=condition, y=measure)) + 
geom_line() + geom_point() +
geom_errorbar(aes(ymin=measure-se, ymax=measure+se), 
     width=.2, position=position_dodge(0.05)) + 
ylab("measure") +
xlab("Condition")

这个情节没有限制。当您添加限制并显示它时，比例是正确的：

p + scale_y_continuous(name="measure", limits=c(1, 7), breaks=c(1:7))

但是，请注意 p 没有改变！您没有存储将限制添加到 p 的结果。因此，p 仍然没有 scale_y_continuous。难怪当你打字的时候

p + theme_classic()

...限制消失了。但是，如果您尝试

p <- p + scale_y_continuous(name="measure", limits=c(1, 7), breaks=c(1:7))
p + theme_classic()

一切都会正确的。

Answer 2

我想我得到了类似于你的情节的东西，带有正确的 y 轴，代码如下：

ggplot(data, aes(x = condition, y = measure)) + 
  geom_point() +
  geom_errorbar(aes(ymin = measure-se, ymax = measure+se), 
                width = .2, position = position_dodge(0.05)) +
  # Group prevents geom_line interpreting each x-axis point as it's own group
  geom_line(aes(group = rep(1, nrow(data)))) +
  xlab("Condition") + 
  # Expand is optional, it prevents padding beyond 1 and 7
  scale_y_continuous(name = "measure", 
                     limits = c(1, 7), 
                     breaks = 1:7, 
                     expand = c(0,0)) +
  theme_classic()