将多个ggplots打印到一个pdf中，每页多个图答案

【问题标题】：Printing multiple ggplots into a single pdf, multiple plots per page将多个ggplots打印到一个pdf中，每页多个图
【发布时间】：2012-08-27 09:17:53
【问题描述】：

我有一个列表，p，其中p 的每个元素都是 ggplot2 绘图对象的列表。

我想输出一个包含p 中所有图的单个 pdf，这样p[[1]] 中的图在第 1 页，p[[2]] 中的图在第 2 页，等等。我该怎么做?

这里有一些示例代码，可以为您提供我正在使用的数据结构 - 为无聊的情节道歉，我随机选择了变量。

require(ggplot2)
p <- list()

cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    p[[i]] <- list()
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    p[[i]][[1]] <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    p[[i]][[2]] <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
}

【问题讨论】：

这是一个潜在的开始：require(gridExtra); do.call("grid.arrange",p[[i]])。这将在单个设备中绘制 p[[i]] 中的 ggplot 对象，并很好地排列它们。
还可以查看 gridExtra 包。我认为这应该能让你大部分时间到达那里

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

此方案与列表p中的列表长度是否不同无关。

library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(p))) {
  do.call("grid.arrange", p[[i]])  
}
dev.off()

由于onefile = TRUE，函数pdf 将所有按顺序出现的图形保存在同一个文件中（一个图形一页）。

【讨论】：

对我来说，这会导致损坏的 PDF 无法打开。这些情节看起来很好。有什么建议吗？
opts() 在ggplot2_2.2.1 和R version 3.3.2 上对我不起作用。请改用+ ggtitle(cuts[i])。
@half-pass，我遇到了同样的问题。在我的例子中，在 ggplot2 对象上做一个明确的print() 解决了这个问题（即将绘图保存到对象，然后打印它，对于循环的每次迭代）。
seq_along(p) 可以用来代替seq(length(p))
对于其他遇到麻烦的人：请注意，此解决方案仅在 ggplot 对象在列表中时才有效。如果将它们作为单独的参数添加到 grid.arrange，您将在 pdf 中获得几页，只有最后一页是您想要的组合。

【解决方案2】：

这里是 Sven 解决方案的一个简单版本，适用于 R 初学者，否则他们会盲目地使用他们既不需要也不理解的 do.call 和嵌套列表。我有经验证据。 :)

library(ggplot2)
library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    top.plot <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    bottom.plot <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    grid.arrange(top.plot, bottom.plot)
}
dev.off()

【讨论】：

【解决方案3】：

这是使用 ggplot2::ggsave() 和 gridExtra::marrangeGrob() 将 ggplot 对象列表导出到单个 pdf 文件的最优雅的解决方案。

library(ggplot2)
library(gridExtra)

假设您使用lapply() 创建多个绘图

p <- lapply(names(mtcars), function(x) {
  ggplot(mtcars, aes_string(x)) + 
    geom_histogram()
})

保存p地块列表：

ggsave(
   filename = "plots.pdf", 
   plot = marrangeGrob(p, nrow=1, ncol=1), 
   width = 15, height = 9
)

【讨论】：

这是否适用于 group_by() 函数？

【解决方案4】：

我尝试了其中的一些解决方案，但没有成功。我进行了更多研究，并找到了一个非常适合我的解决方案。它将我所有的图形保存在一个 pdf 文件中，每个图表在一页上。

library(ggplot2)


pdf("allplots.pdf",onefile = TRUE)
for(i in glist){
   tplot <- ggplot(df, aes(x = as.factor(class), y = value))
   print(tplot)
}
dev.off()

【讨论】：

【解决方案5】：

这是一种解决方案，但我不是特别喜欢它：

ggsave("test.pdf", do.call("marrangeGrob", c(unlist(p,recursive=FALSE),nrow=2,ncol=1)))

问题在于它依赖于每组中的地块数量相同。如果all(sapply(p, length) == 2) 为假，那么它就会中断。

【讨论】：

【解决方案6】：

这是一个基于 Sven 方法的函数，包括 roxygen2 文档和示例。

#' Save list of ggplot2 objects to single pdf
#'
#' @param list (list) List of ggplot2 objects.
#' @param filename (chr) What to call the pdf.
#'
#' @return Invisible NULL.
#' @export
#'
#' @examples
#' #plot histogram of each numeric variable in iris
#' list_iris = map(names(iris[-5]), ~ggplot(iris, aes_string(.)) + geom_histogram())
#' #save to a single pdf
#' GG_save_pdf(list_iris, "test.pdf")
GG_save_pdf = function(list, filename) {
  #start pdf
  pdf(filename)

  #loop
  for (p in list) {
    print(p)
  }

  #end pdf
  dev.off()

  invisible(NULL)
}

【讨论】：

【解决方案7】：

使用ggpubr 包对我有用的解决方案（Github 上的包，安装代码：devtools::install_github("kassambara/ggpubr")）。

假设您有 4 个地块 p1、p2、p3 和 p4。

library(ggpubr)
multi.page <- ggarrange(p1,p2,p3,p4, nrow=1, ncol=1) # for one plot per page
multi.page[[1]] # for seeing the first plot
ggexport(multi.page, filename="my-plots.pdf")

【讨论】：

【解决方案8】：

没有gridExtra 包的好解决方案：

library(plyr)
library(ggplot2)

li = structure(p, class = c("gglist", "ggplot"))
print.gglist = function(x, ...) l_ply(x, print, ...)
ggsave(li, file = "test.pdf")

【讨论】：