按组为 R PCoA 图的个体着色

Question

应该是一个简单的问题，但到目前为止我还没有找到确切的方法。

我有一个矩阵如下：

sample var1 var2 var3 etc.
1      5    7    3     1
2      0    1    6     8
3      7    6    8     9
4      5    3    2     4

我使用 Vegan 进行了 PCoA 并绘制了结果。现在我的问题是我想根据预定义的组为样本着色：

group sample
1     1
1     2
2     3
2     4

如何导入组，然后根据所属组绘制彩色点？看起来很简单，但我一直在摸索。

谢谢！ 赛博

Answer 1

您说您使用了 vegan PCoA，我认为它的意思是 wcmdscale 函数。默认的vegan::wcmdscale 只返回一个与标准stats::cmdscale 类似的分数矩阵，但是如果您添加了一些特殊参数（例如eig = TRUE），您将获得一个完整的wcmdscale 结果对象，其中包含专用的plot 和points 方法你可以这样做： plot(<pcoa-result>, type="n") # no reproducible example: edit like needed points(<pcoa-result>, col = group) # no reproducible example: group must be visible 如果您有现代 vegan (2.5.x)，则以下内容也适用： library(magrittr) plot(<full-pcoa-result>, type = "n") %>% points("sites", col = group)