【问题标题】:Unable to read files from google cloud storage bucket from jupyter notebook running on data proc cluster无法从运行在 data proc 集群上的 jupyter notebook 读取谷歌云存储桶中的文件
【发布时间】:2019-04-16 22:09:07
【问题描述】:

我正在使用一个初始化操作来安装 Jupyter 笔记本的 Data Proc Spark 集群。我无法读取存储在谷歌云存储桶上的 csv 文件,但是当我使用 Spark Shell 时,我能够读取相同的文件

下面是我得到的错误代码

import pandas as pd
import numpy as np
data = pd.read_csv("gs://dataproc-78r5fe64b-a56d-4f5f4-bcf9-e1b7t6fb9d8f-au-southeast1/notebooks/datafile.csv")

    FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
<ipython-input-20-2457012764fa> in <module>
----> 1 data = pd.read_csv("gs://dataproc-78r5fe64b-a56d-4f5f4-bcf9-e1b7t6fb9d8f-au-southeast1/notebooks/datafile.csv")

/opt/conda/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in parser_f(filepath_or_buffer, sep, delimiter, header, names, index_col, usecols, squeeze, prefix, mangle_dupe_cols, dtype, engine, converters, true_values, false_values, skipinitialspace, skiprows, nrows, na_values, keep_default_na, na_filter, verbose, skip_blank_lines, parse_dates, infer_datetime_format, keep_date_col, date_parser, dayfirst, iterator, chunksize, compression, thousands, decimal, lineterminator, quotechar, quoting, escapechar, comment, encoding, dialect, tupleize_cols, error_bad_lines, warn_bad_lines, skipfooter, doublequote, delim_whitespace, low_memory, memory_map, float_precision)
    676                     skip_blank_lines=skip_blank_lines)
    677 
--> 678         return _read(filepath_or_buffer, kwds)
    679 
    680     parser_f.__name__ = name

/opt/conda/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in _read(filepath_or_buffer, kwds)
    438 
    439     # Create the parser.
--> 440     parser = TextFileReader(filepath_or_buffer, **kwds)
    441 
    442     if chunksize or iterator:

/opt/conda/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in __init__(self, f, engine, **kwds)
    785             self.options['has_index_names'] = kwds['has_index_names']
    786 
--> 787         self._make_engine(self.engine)
    788 
    789     def close(self):

/opt/conda/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in _make_engine(self, engine)
   1012     def _make_engine(self, engine='c'):
   1013         if engine == 'c':
-> 1014             self._engine = CParserWrapper(self.f, **self.options)
   1015         else:
   1016             if engine == 'python':

/opt/conda/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in __init__(self, src, **kwds)
   1706         kwds['usecols'] = self.usecols
   1707 
-> 1708         self._reader = parsers.TextReader(src, **kwds)
   1709 
   1710         passed_names = self.names is None

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.TextReader.__cinit__()

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.TextReader._setup_parser_source()

FileNotFoundError: File b'gs://dataproc-78r5fe64b-a56d-4f5f4-bcf9-e1b7t6fb9d8f-au-southeast1/notebooks/datafile.csv' does not exist

CSV 文件的位置路径

gs://dataproc-78r5fe64b-a56d-4f5f4-bcf9-e1b7t6fb9d8f-au-southeast1/notebooks/datafile.csv

我还确保 csv 文件存储在与 data proc 附件相同的存储桶中,并确保该文件采用 UTF-8 编码的 csv 格式

谁能帮助我如何从运行在谷歌云中的 dataproc 集群上的 jupyter notebook 读取存储在谷歌存储桶中的文件。

如果需要更多信息,请告诉我

提前致谢!!

【问题讨论】:

  • 你在 Jupyter 中使用什么内核? Python 还是 Spark?
  • 我实际上已经尝试过同时使用内核、Python 和 Py-Spark

标签: python jupyter-notebook google-cloud-storage google-cloud-dataproc


【解决方案1】:

Spark 可以从 GCS 读取的原因是我们将其配置为使用 GCS connector 来处理以 gs:// 开头的路径。您可能想使用 spark.read.csv(gs://path/to/files/) 将 CSV 文件读入 Spark 数据帧。

您可以使用 pandas 对 GCS 进行读写,但要复杂一些。 This stackoverflow post 列出了一些选项。

附注:如果您使用的是 Pandas,则应使用 single node 集群,因为 pandas 代码不会分布在集群中。

【讨论】:

  • 感谢 Karthik,很长一段时间以来一直在努力寻找解决方案,我知道 pandas 代码将跨集群分布。
  • Pandas 分布在整个集群中,除非您使用 Dask 之类的东西。
  • 对不起有一个错字,我的意思是我明白熊猫不会跨集群分布。非常感谢您帮助解决这个问题。
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