无法使用 rPython 导入包

Question

我在mac OS 上安装了umap-learn，并尝试使用rPython 在r markdown 文件中使用它，这里解释的方式如下：

http://blog.schochastics.net/post/using-umap-in-r-with-rpython/#fn1

但是当我运行以下代码时：

```{r}
umap <- function(x,n_neighbors=10,min_dist=0.1,metric="euclidean"){
  x <- as.matrix(x)
  colnames(x) <- NULL
  rPython::python.exec( c( "def umap(data,n,mdist,metric):",
              "\timport umap" ,
              "\timport numpy",
              "\tembedding = umap.UMAP(n_neighbors=n,min_dist=mdist,metric=metric).fit_transform(data)",
              "\tres = embedding.tolist()",
              "\treturn res"))

  res <- rPython::python.call( "umap", x,n_neighbors,min_dist,metric)
  do.call("rbind",res)
}

data(iris)
res <- umap(iris[,1:4])
```

我得到错误：

python.exec(python.command) 中的错误：没有名为 umap 的模块

所以，显然Rstudio 看不到umap。我检查了包是conda list安装的：

umap-learn                0.2.3                    py36_0    conda-forge

我该如何解决这个问题？

更新

python的版本不对，所以我添加了.Rprofile，并让它指向正确的版本，但是错误仍然存​​在。

system("python --version")
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

更新

更详细的错误（堆栈跟踪）：

 Error in python.exec(python.command) : No module named umap
 4.stop(ret$error.desc)
 3.python.exec(python.command)
 2.rPython::python.call("umap", x, n_neighbors, min_dist, metric)
 1.umap(iris[, 1:4])

Answer 1

您需要确保 umap 可用于 R 中使用的同一 Python，默认情况下不会是您的 Anaconda 安装。

您可以使用 system("python --version") 检查您的 Python，如果需要，请转到 cmd 行并执行 pip install umap 或 pip3 install umap 等（以使用当前可用的 Python；或者您可以 switch Python 路径你的 Anaconda Python）。