在Linux bash中从Windows中形成的文本文件中读取内容[重复]

Question

我正在尝试使用 wget 和 url 从数据库下载文件。例如

wget "http://www.rcsb.org/pdb/files/1BXS.pdb"

所以url的格式是这样的：http://www.rcsb.org/pdb/files/($idnumber).pdb"

但是我有很多文件要下载；所以我写了一个 bash 脚本，它从文本文件中读取 id_numbers，形成 url 字符串并通过 wget 下载。

!/bin/bash

while read line
do
url="http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb"
echo -e $url
wget $url
done < id_numbers.txt

但是，url 字符串的格式为

.pdb://www.rcsb.org/pdb/files/4H80

所以，.pdb 替换为 http。我不知道为什么。有人有想法吗？ 我怎样才能格式化它，所以 url 是

"http://www.rcsb.org/pdb/files/($idnumber).pdb"

？ 非常感谢。

注意。这个问题被标记为“如何在 bash 中连接字符串？”的重复项。但我实际上是在要求别的东西。我在问这个问题之前阅读了这个问题，事实证明我的问题是在 Windows 中准备 txt 文件而不是真正的字符串连接。我编辑了问题标题。我希望现在更清楚了。

Answer 1

试试这个：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/"$line
$url=$url".pdb"

欲了解更多信息，请查看How to concatenate string variables in Bash?

Answer 2

-eecho 选项用于在不插入新行的情况下输出所需内容，此处不需要。

我还怀疑您的包含 id 的文件格式不正确，您是在哪个操作系统上创建的？

无论如何，您可以通过这种方式简化您的脚本：

!/bin/bash

while read line
do
    wget "http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb"
done < id_numbers.txt

我能够使用像这样生成的id_numbers.txt 文件成功测试它：

for i in $(0 9) ; do echo "$i" >> id_numbers.txt ; done

Answer 3

听起来您的 id_numbers.txt 文件具有 DOS/Windows 样式的换行符（回车后跟换行符）而不是普通的 unix 换行符（只是换行符）。结果是read 认为该行以回车结束，$line 实际上在末尾有一个回车，并且嵌入在 url 中，造成各种混乱。

有几种方法可以解决这个问题。当你使用它时，你可以让 bash 从变量中修剪回车：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/${line%$'\r'}.pdb"

或者你可以让read 修剪它，告诉它回车算作空格（read 将从它读取的内容中修剪前导和尾随空格）：

while IFS=$'\r' read line

或者您可以使用 dos2unix（或您的操作系统上的任何等效命令）之类的命令来转换 id_numbers.txt 文件。