无法在大小为 11.8 Gb 的 R 中分配向量 [重复]

Question

我收到此错误“无法在大小为 11.8 Gb 的 R 中分配向量”，因为我的桌面有 8 GB 内存，而我使用的矩阵大小为 3000x52128。

这里有什么解决方案可以避免这种内存错误吗？ 即使我尝试将矩阵的大小减小为 1500x52128，我也得到了与 11.8 Gb 相同的错误和相同的大小。

那我该怎么办？ 只有一种解决方案是在具有 16 GB 内存的计算机上工作？

补充说明：
运行以下命令时，出现此错误。

svmDS <- read.csv("TrainDataSet_ver1.2.csv");
model<-naiveBayes(as.factor(class)~., data=svmDS)

Answer 1

以下功能有助于释放工作区，通过删除工作区中已有的大对象。 这不是您问题的直接解决方案。但它也有帮助。

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by,
                        decreasing=FALSE, head=FALSE, n=5) {
    napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
                                         fn(get(x, pos = pos)))
    names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
    obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
    obj.mode <- napply(names, mode)
    obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
    obj.prettysize <- napply(names, function(x) {
                           capture.output(print(object.size(x), units = "auto")) })
    obj.size <- napply(names, object.size)
    obj.dim <- t(napply(names, function(x)
                        as.numeric(dim(x))[1:2]))
    vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
    obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
    out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.prettysize, obj.dim)
    names(out) <- c("Type", "Size", "PrettySize", "Rows", "Columns")
    if (!missing(order.by))
        out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
    if (head)
        out <- head(out, n)
    out
}

lsos <- function(..., n=10) {
    .ls.objects(..., order.by="Size", decreasing=TRUE, head=TRUE, n=n)
}

lsos()

它会向您显示工作区中的对象列表，并偶尔显示rm() 其中一些。