在 R 中管道两个 bash 命令：损坏的管道错误答案

【问题标题】：Piping two bash commands in R: broken pipe error在 R 中管道两个 bash 命令：损坏的管道错误
【发布时间】：2012-07-12 08:23:04
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中通过管道传输两个 bash 命令，但出现管道损坏错误；任何建议表示赞赏。我在这里：

#Create a long file (2GB on your drive...)
write.csv(rep(1,1E8),file="long.txt", row.names=FALSE)

system("grep 1 tmp.txt")    #This works
system("grep 1 tmp.txt| head -n 10")    #This gives a broken pipe error

我得到 grep: 写入输出: 损坏的管道使用短文件它可以正常工作。请问我该如何解决这个问题？

谢谢。

【问题讨论】：

当你在命令行上做同样的事情时，你是否得到了破管错误？

标签： r bash pipe

【解决方案1】：

grep 抱怨，因为它的输出超过 10 行，而head 在完成之前将其切断。

我建议隐藏 grep 的 stderr 输出（这是打印损坏管道错误的地方）。

system("grep 1 tmp.txt 2>/dev/null | head -n 10")

如果您需要从 grep 中查看其他错误，这将不起作用；在这种情况下，您将需要一个更复杂的解决方案。

【讨论】：

谢谢，这很有用（当我有足够的分数时会投票给你！）但是非常慢：该命令需要超过一分钟才能运行，而它在 bash 中是瞬时的......
我不熟悉 R，但我看不出有任何理由说明如果您在两个地方运行完全相同的命令，它会变得更慢。它可能无济于事，但您也可以尝试：system("bash -c 'grep 1 tmp.txt 2>/dev/null | head -n 10'") 这将强制 system 使用 bash（以防它使用其他东西）。
头部不应该发送 SIGPIPE 而不是退出？
我不确定我是否理解：抛出了一个错误，但似乎是 grep，而不是 head
其实@mrb 回到你的第一点：为什么这适用于小文件？在某些情况下，您的台词可能比头部关心的要多。

【解决方案2】：

或者，如果您的grep 实现支持它，您可以使用

grep -m 10 PATTERN FILE

部分描述来自：man grep on Ubuntu 12.04

-m NUM, --max-count=NUM
      Stop reading a file after NUM matching lines.

这个选项在我遇到类似问题的 Red Hat 5.8 机器上也可用。

【讨论】：