【问题标题】:Python package cannot be loaded into PBS queue filePython 包无法加载到 PBS 队列文件中
【发布时间】:2021-11-06 06:39:39
【问题描述】:

skopt 包 (https://scikit-optimize.github.io/stable/install.html) 安装在我使用的集群上。

当我直接在终端(即集群终端)中运行python中的代码时,没有出现问题,代码按预期工作。

但是,当我只是将执行代码的命令放在 PBS 队列系统文件(例如,python3 ./code.py)中时,我无法加载已安装的包并收到以下消息:

Traceback (most recent call last):
    File "./test.py", line 22, in <module>
       from skopt import gp_minimize
ModuleNotFoundError: No module named 'skopt'

谁能告诉我如何解决这个问题?

如果我需要提供更多信息,请告诉我。

ps1:软件包安装在 /usr/local/lib/python3.6/site-packages/skopt 目录下。

ps2:我尝试将 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:[$HOME]/.usr/local/lib/python3.6/site-packages/skopt 加载到 PBS 文件中,但没有成功。

【问题讨论】:

  • 确保您使用的是正确安装的python,例如,您使用“pip3 install skopt”使用“python3 ./foo/bar.py”,反之亦然“pip install skopt”使用“python ./foo/bar.py”

标签: python python-3.x pbs


【解决方案1】:

我以前也遇到过这种情况,但解决起来很简单

pip3 converts to python3

pip converts to python

使用这些命令而不是随机命令。查看我的评论了解更多详情。

【讨论】:

  • 对不起,我不太明白。他们用来安装软件包的命令实际上是“pip3 install skopt”。但是当我尝试运行“python3 ./foo/bar.py”时,我收到以下错误消息“python3:无法打开文件'./foo/bar.py':[Errno 2]没有这样的文件或目录” , 或运行“python3 ./foo/test.py”我得到了 python3: can't open file './foo/testelammps2.py': [Errno 2] No such file or directory
  • 好吧,因为 foo 和 bar 只是放置项目。您使用文件路径。 @EmersonPL
【解决方案2】:

解决方案比我想象的要容易,因为 skopt 包位于路径“/usr/local/lib/python3.6/site-packages/”中,只需使用命令“export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/ local/lib/python3.6/site-packages”,在python中运行代码之前

我错误地使用了“导出”命令。

【讨论】:

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