R bigmemory：脚本执行后如何访问矩阵/保存在共享内存中答案

【问题标题】：R bigmemory: how to access matrix/keep in shared memory after script got executedR bigmemory：脚本执行后如何访问矩阵/保存在共享内存中
【发布时间】：2022-01-03 01:32:46
【问题描述】：

我使用bigmemory 包将一个非常大的矩阵放入共享内存中（请参阅下面的脚本，以便其他 R 会话中的脚本可以并行访问它。

我现在想以非交互方式执行脚本。问题是，如果我使用Rscript 运行它，矩阵会在Rscript 进程结束后立即从共享内存中删除。我可以在脚本末尾添加Sys.sleep(99999)，但我想知道是否有更好的方法来完成这个。有什么想法吗？

library(bigmemory)

m = read.big.matrix("matrix.txt", type='double', shared = TRUE, header = FALSE, sep = "\t")

sign = describe(m)
dput(sign, "matrix.signature")

【问题讨论】：

我不确定您所说的“脚本执行后保留在共享内存中”的确切含义。以及“在脚本执行后保持会话活动”。
@F.Privé ：你现在能更好地理解它吗？
当您说要保留共享内存时，是不是因为您想使用这些数据运行许多脚本，而不必每次都将数据映射到磁盘上？
我不确定您所说的“每次都在磁盘上映射数据”是什么意思，但是是的，我想使用在单独的 R 会话中运行的脚本访问共享内存中的数据。跨度>

标签： r shared-memory r-bigmemory

【解决方案1】：

如果您在磁盘上有描述符sign，那么您可以在另一个会话中使用attach.big.matrix()：

m <- attach.big.matrix("matrix.signature")

【讨论】：

问题是，如果其他会话停止，我将无法再通过 attach.big.matrix 访问矩阵，因为它已被删除。将矩阵放入共享内存后，如何保持其他会话处于活动状态？
是的，你可以。 "matrix.signature" 是磁盘上文件的路径，其中包含重建 big.matrix 对象所需的信息（描述符）。
如果共享内存中的对象不再存在，则描述符没有用。描述符基本上只是一个指向对象的指针。我正在寻求帮助如何将这个对象（即矩阵）保存在共享内存中。目前我看到的唯一解决方案是在交互式会话中从上面运行 read.big.matrix 脚本（并且不要关闭会话），或者如果我在使用 Rscript 运行它时添加 Sys.sleep(9999999) 之类的东西.
我明白了。为什么不使用文件备份的 big.matrix？
还没试过。你？性能与共享内存如何？