我正在尝试将 BioPython 序列传递给 iPython 笔记本环境中的 Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm。我偶然发现了 argparse 组件。
我以前从未直接处理过 argparse。如何在不重写 main() 的情况下使用它？
【问题讨论】：
标签： python ipython bioinformatics biopython suffix-tree
在 Ipython 笔记本中使用 argparse 的另一种方法是将字符串传递给：
args = parser.parse_args()
（您引用的 git repo 中的第 303 行。）
应该是这样的：
parser = argparse.ArgumentParser(
description='Searching longest common substring. '
'Uses Ukkonen\'s suffix tree algorithm and generalized suffix tree. '
'Written by Ilya Stepanov (c) 2013')
parser.add_argument(
'strings',
metavar='STRING',
nargs='*',
help='String for searching',
)
parser.add_argument(
'-f',
'--file',
help='Path for input file. First line should contain number of lines to search in'
)
和
args = parser.parse_args("AAA --file /path/to/sequences.txt".split())
编辑：它有效
【讨论】：
args = parser.parse_args(['--file', '/path/to/sequences.txt'])，即您需要传递一个字符串数组，其中每个元素都是一个参数，通常在命令行中用空格分隔。
shlex.split:args = parser.parse_args(shlex.split("AAA --file /path/to/sequences.txt"))
我有a similar problem before,，但使用optparse 而不是argparse。
您无需更改原始脚本中的任何内容，只需为sys.argv 分配一个新列表，如下所示：
if __name__ == "__main__":
from Bio import SeqIO
path = '/path/to/sequences.txt'
sequences = [str(record.seq) for record in SeqIO.parse(path, 'fasta')]
sys.argv = ['-f'] + sequences
main()
【讨论】：
sys.argv 就像sys.argv = ['foo'] 一样工作。
使用args = parser.parse_args(args=[]) 可以解决执行问题。
或者如果你想以类格式管理参数，你可以声明如下。
class Args:
data = './data/penn'
model = 'LSTM'
emsize = 200
nhid = 200
args=Args()
Github page
repo 提供转换网络服务。 http://35.192.144.192:8000/arg2cls.html
【讨论】：
如果所有参数都有默认值，那么将其添加到笔记本顶部就足够了：
import sys
sys.argv = ['']
（否则，只需添加必要的参数而不是空字符串）
【讨论】：
我最终使用 BioPython 来提取序列，然后编辑 Ilya Steanov 的实现以删除 argparse 方法。
import imp
seqs = []
lcsm = imp.load_source('lcsm', '/path/to/ukkonen.py')
for record in SeqIO.parse('/path/to/sequences.txt', 'fasta'):
seqs.append(record)
lcsm.main(seqs)
对于算法，我让main() 接受一个参数，即他的strings 变量，但这会向算法发送一个特殊的BioPython Sequence objects 列表，re 模块不喜欢这些列表。所以我不得不提取序列字符串
suffix_tree.append_string(s)
到
suffix_tree.append_string(str(s.seq))
这似乎有点脆弱，但这就是我现在所拥有的。
【讨论】：
我在调用 argsparse 时遇到了类似的问题，字符串 '-f' 导致了这个问题。只需从 sys.srgv 中删除它就可以了。
import sys
if __name__ == '__main__':
if '-f' in sys.argv:
sys.argv.remove('-f')
main()
【讨论】：
清理sys.argv
import sys; sys.argv=['']; del sys
https://github.com/spyder-ide/spyder/issues/3883#issuecomment-269131039
【讨论】：
这是我的代码，运行良好，我不用担心环境改变了。
import sys
temp_argv = sys.argv
try:
sys.argv = ['']
print(sys.argv)
args = argparse.parser_args()
finally:
sys.argv = temp_argv
print(sys.argv)
【讨论】：
如果您不想更改您编写或复制的原始 argparse 函数的任何参数和工作机制。
为了让程序正常工作，有一个在大多数情况下都可以正常工作的简单解决方案。
您可以使用以下命令安装jupyter-argparser：
pip install jupyter_argparser
感谢包的维护者，代码无需任何更改即可工作。
【讨论】：