我想将所有控制台文本重定向到一个文件。这是我尝试过的：
> sink("test.log", type=c("output", "message"))
> a <- "a"
> a
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
这是我在 test.log 中得到的：
[1] "a"
这是我想要的 test.log：
> a <- "a"
> a
[1] "a"
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
我做错了什么？谢谢！
【问题讨论】：
您必须分别接收“输出”和“消息”（sink 函数只查看type 的 first 元素）
现在，如果您希望 input 也被记录，则将其放入脚本中：
script.R
1:5 + 1:3 # prints and gives a warning
stop("foo") # an error
在提示符下：
con <- file("test.log")
sink(con, append=TRUE)
sink(con, append=TRUE, type="message")
# This will echo all input and not truncate 150+ character lines...
source("script.R", echo=TRUE, max.deparse.length=10000)
# Restore output to console
sink()
sink(type="message")
# And look at the log...
cat(readLines("test.log"), sep="\n")
【讨论】：
1:5 + 1:3，然后是它的输出，然后是下一个，等等。我想要生成这种类型的日志的原因是因为我有一个程序需要 30+ GB 的 RAM 才能运行。我在亚马逊云中运行它并将回归的输出保存到单个文件中。我希望能够通过查看日志快速找到生成每个文件的代码。注意：如果我只是剪切-粘贴控制台输出，就可以了。
max.deparse.length 参数。我更新了答案。
如果您可以访问命令行，您可能更喜欢使用 R CMD BATCH 从命令行运行脚本。
== 开始脚本的内容。R ==
a <- "a"
a
How come I do not see this in log
== 脚本的结束内容。R ==
在命令提示符下（在许多 un*x 变体中为“$”，在 Windows 中为“C:>”），运行
$ R CMD BATCH script.R &
结尾的“&”是可选的，在后台运行命令。 日志文件的默认名称在扩展名后附加了“out”，即 script.Rout
== 开始脚本的内容。Rout ==
R version 3.1.0 (2014-04-10) -- "Spring Dance"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
[Previously saved workspace restored]
> a <- "a"
> a
[1] "a"
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
Execution halted
== script.Rout 的结束内容 ==
【讨论】：
R CMD BATCH script.R & 不起作用。
你不能。最多可以用sink 保存输出，用savehistory 分别输入。或使用script、screen 或tmux 等外部工具。
【讨论】：
如果您能够使用 bash shell，您可以考虑在 bash 脚本中简单地运行 R 代码并将 stdout 和 stderr 流通过管道传输到文件。这是一个使用heredoc的示例：
文件：test.sh
#!/bin/bash
# this is a bash script
echo "Hello World, this is bash"
test1=$(echo "This is a test")
echo "Here is some R code:"
Rscript --slave --no-save --no-restore - "$test1" <<EOF
## R code
cat("\nHello World, this is R\n")
args <- commandArgs(TRUE)
bash_message<-args[1]
cat("\nThis is a message from bash:\n")
cat("\n",paste0(bash_message),"\n")
EOF
# end of script
然后，当您运行脚本时，将 stderr 和 stdout 都通过管道传输到日志文件：
$ chmod +x test.sh
$ ./test.sh
$ ./test.sh &>test.log
$ cat test.log
Hello World, this is bash
Here is some R code:
Hello World, this is R
This is a message from bash:
This is a test
为此要考虑的其他事情是尝试简单地将标准输出和标准错误从 R heredoc 直接插入日志文件；我还没有尝试过，但它可能也会起作用。
【讨论】：
从控制台保存文本：运行分析，然后选择（Windows）“文件>保存到文件”。
【讨论】：
为大量行设置您的 Rgui 首选项，然后以适当的间隔设置时间戳并另存为文件。
【讨论】：
您可以在运行 R 脚本时打印到文件，同时查看具有（或不具有）screen 的进度。
不使用屏幕时，使用R CMD BATCH yourscript.R &和第4步。
使用屏幕时，在终端中启动屏幕
screen
运行你的 R 脚本
R CMD BATCH yourscript.R
按 CtrlA 转到另一个屏幕，然后按 c
使用（实时）查看您的输出：
tail -f yourscript.Rout
使用 CtrlA 然后 n
在屏幕之间切换【讨论】：
如果您想获取保存在文件中的错误消息
zz <- file("Errors.txt", open="wt")
sink(zz, type="message")
输出将是：
Error in print(errr) : object 'errr' not found
Execution halted
此输出将保存在名为 Errors.txt 的文件中
如果您希望将控制台的打印值写入文件，您可以使用 'split' 参数：
zz <- file("console.txt", open="wt")
sink(zz, split=TRUE)
print("cool")
print(errr)
输出将是：
[1] "cool"
在 console.txt 文件中。因此，您的所有 控制台输出都将打印在名为 console.txt 的文件中
【讨论】：
这可能无法满足您的需求，但一种解决方案可能是从 Rmarkdown 文件中运行您的代码。您可以将代码和控制台输出写入 HTML/PDF/Word。
【讨论】：