在 PDF 中绘制为位图

Question

我目前正在研究 CGH 数组结果，其中涉及数个数十万点的图，我希望从 PDF 设备的多页功能和 PNG 图像格式的亮度中受益。

问题在于 PDF 设备将绘图存储为矢量图，因此 PDF 文件很大，需要几分钟才能打开。我想知道 R 是否可以绘制为嵌入在单个 PDF 文件中的多个位图，因为我知道 PDF 格式能够处理它。

这是一个简单的例子，PDF 文件大约 2 Mo，而 png 文件大约 10 Ko，所以我想要一个大约 20 Ko 的 PDF 文件。

png("test%i.png")
plot(rnorm(2e4), rnorm(2e4), pch="+", cex=0.6)
plot(rnorm(2e4), rnorm(2e4), pch="+", cex=0.6)
dev.off()

pdf("test.pdf", onefile=TRUE)
plot(rnorm(2e4), rnorm(2e4), pch="+", cex=0.6)
plot(rnorm(2e4), rnorm(2e4), pch="+", cex=0.6)
dev.off()

Answer 1

使用 png 驱动程序创建可接受分辨率的 PNG 文件。让你的阴谋。关闭 png 设备。

然后使用 package:png 中的 readPNG 将其读入。

接下来打开一个 PDF 驱动程序，在 (0,0) (1,1) 创建一个没有边距和边界的空白图，然后使用 rasterImage 将 png 绘制到该图上。通过创建新图来添加额外页面。关闭 PDF 驱动程序。

这应该会给你一个带有位图版本的 PDF。正确设置绘图有一些棘手的问题，png 分辨率至关重要，但我认为以上内容具备所有要素。

> png("plot.png")
> makeplot(100000) # simple function that plots 100k points 
> dev.off()
X11cairo 
       2 
> plotPNG = readPNG("plot.png")
> pdf("plot.pdf")
> par(mai=c(0,0,0,0))
> plot(c(0,1),c(0,1),type="n")
> rasterImage(plotPNG,0,0,1,1)
> dev.off()

然后检查 plot.pdf...

Answer 2

这是一个解决方案，可让您接近 (50kb) 到所需的文件大小 (25kb)，而无需安装 LaTeX 和/或学习 Sweave。 （从长远来看，并不是说其中任何一个都是不可取的！）

它使用grid 函数grid.cap() 和grid.raster()。更多细节和想法在a recent R-Journal article by Paul Murrell (warning : PDF)：

require(grid)
# Make the plots
dev.new()  # Reducing width and height of this device will produce smaller raster files
    plot(rnorm(2e4), rnorm(2e4), pch="+", cex=0.6)
    cap1 <- grid.cap()
    plot(rnorm(2e4), rnorm(2e4), pch="+", cex=0.6, col="red")
    cap2 <- grid.cap()
dev.off()

# Write them to a pdf
pdf("test.pdf", onefile=TRUE)
     grid.raster(cap1)
     plot.new()
     grid.raster(cap2)
dev.off()

生成的pdf 图像似乎比您的文件test1.png 和test2.png 保留了更多细节，因此您可以通过降低它们的分辨率来更接近您的目标。

Answer 3

要在您的 pdf 中包含多个绘图，请设置 onefile = TRUE。

pdf("test.pdf", onefile = TRUE)
plot(1:5)
plot(6:10)
dev.off()

---

要制作这些图 PNG 而不是原生 PDF 图将需要更多的努力。将所有绘图创建为 PNG，如下所示：

png("test%01d.png")
plot(1:5)
plot(6:10)
dev.off()

然后创建一个包含这些 PNG 的 LaTeX 文档。您可以使用 Sweave 从 R 中做到这一点（但如何做到这一点足以成为它自己的问题）。有一个不错的介绍性示例here。

Answer 4

Sweave 解决方案怎么样？

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\SweaveOpts{pdf = FALSE, eps = FALSE}
\DeclareGraphicsExtensions{.png}

\begin{document}

\title{Highly imaginative title}
\author{romunov}

\maketitle

<<fig = TRUE, png = TRUE, echo = FALSE>>=
    plot(1:10, 1:10)
@

\end{document}