将数组作为参数从 Perl 脚本传递到 R 脚本答案

【问题标题】：Passing an array as an argument from a Perl script to a R script将数组作为参数从 Perl 脚本传递到 R 脚本
【发布时间】：2017-04-01 09:30:06
【问题描述】：

我是 R 新手，我有一个 Perl 脚本，我想在其中调用一个 R 脚本，它为我计算一些东西（在这种情况下并不重要）。我想给一个输入文件作为参数，一个包含一些数字的数组和一个代表集群总数的数字。 medoid.r 是我的 R 脚本的名称。

    my $R_out;
    $R_out = qx{./script/medoid.r $output @cluster $NUMBER_OF_CLUSTERS}

我当前的 R 代码如下所示。现在我只是打印集群看看里面有什么。

    args <- commandArgs(TRUE)
    filename = args[1]
    cluster = as.vector(args[2])
    number_of_cluster = args[3]

    matrix = read.table(filename, sep='\t', header=TRUE, row.names=1, quote="")
    print(cluster)

是否可以将数组作为参数？如何将其保存在 R 中？现在只存储和打印数组的第一个数字，但我希望将每个数字都放在向量或类似的东西中。

【问题讨论】：

标签： arrays r perl vector arguments

【解决方案1】：

如果你在 Perl 中这样做

$R_out = qx{./script/medoid.r $output @cluster $NUMBER_OF_CLUSTERS};

您的命令行将与此类似

./scriptmedoid.r output 111 222 333 3

假设$output 是'output' 和@clusters = (111, 222, 333)。

如果你想在 R 中阅读它，你需要将args 中第一个元素之后的所有元素分配给cluster，但最后一个元素和最后一个元素分配给number_of_cluster。在 Perl 中，您可以为此使用 shift 和 pop。

my @args = @_;
my $output = shift @args;
my $number = pop @args;
# now @args only contains the clusters

我不知道R中是否存在这些运算符。

除非以某种方式将其序列化，否则无法传递完整的数据结构。

【讨论】：

【解决方案2】：

在 perl 中，qx 将期望一个字符串作为参数。你当然可以use an array to generate that string，但最终它仍然是一个字符串。您不能将数组“传递给系统调用”，只能传递命令行文本/参数。

请记住，您正在执行一个将 Rscript 作为子进程运行的系统调用。您描述问题的方式，除了命令行之外没有进程间通信。可以这样想：您将如何在命令行中键入一个数组？您可能有一些文本方式来表示一个数组，但是您不能在命令行上键入一个数组。 Arrays are stored and accessed in memory differently by various different languages，因此不能像您建议的那样在两种语言之间真正移植。

一个解决方案：说了这么多，可能有一个适合您的简单解决方案。您尚未提供有关要在数组中传递的数据类型的任何信息。如果它足够简单，您可以尝试在命令行上将其作为分隔文本传递，然后将其分解以在您的 Rscript 中使用。

这是一个 Rscript，它向您展示了我的意思：

args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
filename = args[1]
cluster <- c(strsplit(args[2],"~"))

sprintf("Filename: %s",filename)
sprintf("Cluster list: %s",cluster)

print("Cluster:")
cluster

sprintf("First Item: %s",cluster[[1]][1])

将其保存为“test.r”并尝试使用“Rscript test.r test.txt one~two”执行它，您将获得以下输出（在 Rscript 46084，OpenBSD 上测试）：

[1] "Filename: test.txt"
[1] "Cluster list: c(\"one\", \"two\")"
[1] "Cluster:"
[[1]]
[1] "one" "two"

[1] "First Item: one"

因此，在 perl 方面，您所要做的就是使用“~”或任何其他分隔符加入（）您的数组 - 它高度依赖于您的数据，而您还没有提供它。

总结：重新考虑一下您希望如何在 perl 和 Rscript 之间进行通信。考虑将数据作为分隔字符串发送（如果大小合适）并在另一侧将其拆分。如果这不起作用，请查看 IPC，考虑环境变量或其他选项。无法在命令行上发送数组引用。

注意：您可能需要阅读security risks of different system calls in perl。

【讨论】：