从字符名称矩阵移动到这些名称的向量（对于 fMRI 数据）答案

【问题标题】：Moving from a matrix of character names to a vector of those names (for fMRI data)从字符名称矩阵移动到这些名称的向量（对于 fMRI 数据）
【发布时间】：2021-01-21 20:33:14
【问题描述】：

我有一个 sum(1:235) 的 fMRI 网络连通性下三角矩阵，所以有 27730 个值。我有这些值，但是，我想 cbind 另一个具有这些感兴趣区域 (ROI) 名称的向量，但我不确定如何从这些 ROI 的 236 向量移动到填充的 27730 向量。

所以连接应该是这样的：SN1-SN2, SN1-SN3.....SN1-CB4, SN2-SN3 .... SN2-CB4、SN3-SN4 …SN3-CB4 等等。如果取所有唯一连接，则 236 个 ROI 中的第一个有 235 个连接，第二个 ROI 有 234 个连接，第三个 ROI 有 233 个连接，依此类推。因此，唯一连接总数为 sum(1:235) = 27730。

不过，根据评论，我已将向量更改为仅包含其中 7 个值。

因此，我还将连接更改为 sum(1:8) 值。

非常感谢！

roi <- c("SN2", "SN3", "SN4", "SN5", "CON1", "CON2", "CB4")

connectivities <- rnorm(1:28)

【问题讨论】：

我建议对您的问题进行编辑以改进格式，尽管最后两个似乎值得怀疑："CB3 " 等，字符串中有空格；这与所有其他字符串不同，所以我想验证一下。请edit您的问题，如果有错误请更正。我编辑它是因为当固定宽度、非常长的数据不需要多行来让我们复制它时，代码真的读起来更好，而且下面的实际代码不太可用。谢谢！
实际上，你不需要 235 个元素来表达你的观点，你可以从（比如说）10 中得到同样的东西。它确实有助于这个过程（你学习编程和我们帮助你) 如果问题要小得多：用更少的数据解决并应用于更多的数据。
是的，感谢您的编辑！我忽略了这一点。我检查了代码，它是正确的，所以我删除了空间。
要点...我已经更改了包含的代码。我在这里缺乏术语来真正解释我正在尝试做的事情，但我确信这是一个非常普通的操作。对不起，如果它是重复的。

标签： r matrix vector

【解决方案1】：

这是一种方法：

m <- outer(roi, roi, paste, sep = "-")
m
#      [,1]       [,2]       [,3]       [,4]       [,5]        [,6]        [,7]      
# [1,] "SN2-SN2"  "SN2-SN3"  "SN2-SN4"  "SN2-SN5"  "SN2-CON1"  "SN2-CON2"  "SN2-CB4" 
# [2,] "SN3-SN2"  "SN3-SN3"  "SN3-SN4"  "SN3-SN5"  "SN3-CON1"  "SN3-CON2"  "SN3-CB4" 
# [3,] "SN4-SN2"  "SN4-SN3"  "SN4-SN4"  "SN4-SN5"  "SN4-CON1"  "SN4-CON2"  "SN4-CB4" 
# [4,] "SN5-SN2"  "SN5-SN3"  "SN5-SN4"  "SN5-SN5"  "SN5-CON1"  "SN5-CON2"  "SN5-CB4" 
# [5,] "CON1-SN2" "CON1-SN3" "CON1-SN4" "CON1-SN5" "CON1-CON1" "CON1-CON2" "CON1-CB4"
# [6,] "CON2-SN2" "CON2-SN3" "CON2-SN4" "CON2-SN5" "CON2-CON1" "CON2-CON2" "CON2-CB4"
# [7,] "CB4-SN2"  "CB4-SN3"  "CB4-SN4"  "CB4-SN5"  "CB4-CON1"  "CB4-CON2"  "CB4-CB4" 

m[upper.tri(m)]
#  [1] "SN2-SN3"   "SN2-SN4"   "SN3-SN4"   "SN2-SN5"   "SN3-SN5"   "SN4-SN5"   "SN2-CON1"  "SN3-CON1"  "SN4-CON1" 
# [10] "SN5-CON1"  "SN2-CON2"  "SN3-CON2"  "SN4-CON2"  "SN5-CON2"  "CON1-CON2" "SN2-CB4"   "SN3-CB4"   "SN4-CB4"  
# [19] "SN5-CB4"   "CON1-CB4"  "CON2-CB4"

因为roi中有7个，所以第一个元素（"SN2"）有6个连接；第二个元素 ("SN3") 有五个；等等……总共产生 21 个连接。

另一种方式，使用（并改进）Ben 对combn 的使用：

apply(combn(roi,2), 2, paste, collapse = "-")
#  [1] "SN2-SN3"   "SN2-SN4"   "SN2-SN5"   "SN2-CON1"  "SN2-CON2"  "SN2-CB4"   "SN3-SN4"   "SN3-SN5"   "SN3-CON1" 
# [10] "SN3-CON2"  "SN3-CB4"   "SN4-SN5"   "SN4-CON1"  "SN4-CON2"  "SN4-CB4"   "SN5-CON1"  "SN5-CON2"  "SN5-CB4"  
# [19] "CON1-CON2" "CON1-CB4"  "CON2-CB4"

【讨论】：

谢谢，我不知道“外部”函数。
outer 是一个很好的外笛卡尔积函数，在这种情况下很有用。它相对高效，但使用用户定义的函数可能很难使用。
快速问题：当您在我的问题中更改矢量“roi”时，您使用了哪些代码，而不只是添加了``` ```。我试图弄清楚如何在使用粘贴后删除所有 ROI 之间的“\ \”，但不知道如何。
我复制了 formatted html（隐藏了反斜杠，只显示了引号），然后按原样粘贴到代码块中。我以前从未使用过这种技术，你的技术是我第一次看到所有反斜杠 dbl-quotes。

【解决方案2】：

这是一个包含一组较小值的示例 (7)。对于 7 个值，有 21 种组合：6 + 5 + 4 + 3 + 2 + 1 = 45。

roi <- c("SN2", "SN3", "SN4", "SN5", "CON1", "CON2", "CB4")

combn() 函数将所需的输出生成为矩阵：

     [,1]  [,2]  [,3]  [,4]   [,5]   [,6]  [,7]  [,8]  [,9]   [,10]  [,11]
[1,] "SN2" "SN2" "SN2" "SN2"  "SN2"  "SN2" "SN3" "SN3" "SN3"  "SN3"  "SN3"
[2,] "SN3" "SN4" "SN5" "CON1" "CON2" "CB4" "SN4" "SN5" "CON1" "CON2" "CB4"
     [,12] [,13]  [,14]  [,15] [,16]  [,17]  [,18] [,19]  [,20]  [,21] 
[1,] "SN4" "SN4"  "SN4"  "SN4" "SN5"  "SN5"  "SN5" "CON1" "CON1" "CON2"
[2,] "SN5" "CON1" "CON2" "CB4" "CON1" "CON2" "CB4" "CON2" "CB4"  "CB4"

要获得最终所需的输出，请转置矩阵，转换为 data.frame，然后使用 tidyr 中的 unite() 将两个 roi 值拼接在一起。

library(dplyr) # for the piper %>%
library(tidy)
combn(roi, 2) %>%
  t() %>% as.data.frame() %>%
  unite(col = "combination", sep = "-") 

    combination
1      SN2-SN3
2      SN2-SN4
3      SN2-SN5
4     SN2-CON1
5     SN2-CON2
6      SN2-CB4
7      SN3-SN4
8      SN3-SN5
9     SN3-CON1
10    SN3-CON2
11     SN3-CB4
12     SN4-SN5
13    SN4-CON1
14    SN4-CON2
15     SN4-CB4
16    SN5-CON1
17    SN5-CON2
18     SN5-CB4
19   CON1-CON2
20    CON1-CB4
21    CON2-CB4

【讨论】：

使用combn 的好主意，请参阅我的答案，了解一种无需%>% 和data.framing 开销的使用方法。不错！