【发布时间】：2015-09-01 18:26:48
【问题描述】：
我收到了一些很好的帮助，让我的数据正确格式化，在这里使用 mlogit 生成多项逻辑模型 (Formatting data for mlogit)
但是，我现在正在尝试分析协变量在我的模型中的影响。我发现mlogit.effects() 中的帮助文件信息量不大。问题之一是该模型似乎产生了很多行 NA（见下文，index(mod1)）。
- 谁能澄清为什么我的数据会产生这些 NA？
- 谁能帮我获得
mlogit.effects来处理以下数据？ - 我会考虑将分析转移到
multinom()。但是，我不知道如何格式化数据以适合使用multinom()的公式。我的数据是七个不同项目（可访问性、信息、权衡、辩论、社交和响应）的一系列排名我可以得到那个信息。
可复现的代码如下：
#Loadpackages
library(RCurl)
library(mlogit)
library(tidyr)
library(dplyr)
#URL where data is stored
dat.url <- 'https://raw.githubusercontent.com/sjkiss/Survey/master/mlogit.out.csv'
#Get data
dat <- read.csv(dat.url)
#Complete cases only as it seems mlogit cannot handle missing values or tied data which in this case you might get because of median imputation
dat <- dat[complete.cases(dat),]
#Change the choice index variable (X) to have no interruptions, as a result of removing some incomplete cases
dat$X <- seq(1,nrow(dat),1)
#Tidy data to get it into long format
dat.out <- dat %>%
gather(Open, Rank, -c(1,9:12)) %>%
arrange(X, Open, Rank)
#Create mlogit object
mlogit.out <- mlogit.data(dat.out, shape='long',alt.var='Open',choice='Rank', ranked=TRUE,chid.var='X')
#Fit Model
mod1 <- mlogit(Rank~1|gender+age+economic+Job,data=mlogit.out)
这是我尝试设置一个类似于帮助文件中描述的数据框。它不起作用。我承认，虽然我非常了解 apply 家族，但 tapply 对我来说是模糊的。
with(mlogit.out, data.frame(economic=tapply(economic, index(mod1)$alt, mean)))
从帮助中比较：
data("Fishing", package = "mlogit")
Fish <- mlogit.data(Fishing, varying = c(2:9), shape = "wide", choice = "mode")
m <- mlogit(mode ~ price | income | catch, data = Fish)
# compute a data.frame containing the mean value of the covariates in
# the sample data in the help file for effects
z <- with(Fish, data.frame(price = tapply(price, index(m)$alt, mean),
catch = tapply(catch, index(m)$alt, mean),
income = mean(income)))
# compute the marginal effects (the second one is an elasticity
effects(m, covariate = "income", data = z)
【问题讨论】：
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当我将您的代码运行到
mod1 <- mlogit(...时，它工作正常。当我查看summary(mod1)时，它看起来不错。查看?index，帮助页面指向mlogit.data，这听起来像是用于数据，而不是模型，描述是：“以合适的形式塑造一个data.frame以供使用mlogit 函数。”我也没有看到帮助中的模型上使用了index。也许你需要更新你的mlogit包？ -
...虽然看起来
mlogit自 2013 年 12 月以来没有更新，所以这可能不是你的问题。我在命名空间中找到的唯一index对象来自zoo包。那么，如果您不在模型上使用index（改用summary()），您还有疑问吗？ -
Gregor，帮助示例中的这一行在模型上使用了 index() 命令：z
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但这并没有改变我无法让 effects() 在 mlogit 模型上工作的事实。
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但是在帮助示例中
Fish是一个数据框，而不是一个模型！