使用 ggsave 和 ggplot2 进行迭代答案

【问题标题】：Iterating with ggsave and ggplot2使用 ggsave 和 ggplot2 进行迭代
【发布时间】：2016-08-27 12:47:25
【问题描述】：

我有一个包含 csv 文件的文件夹。我正在遍历这些 csv 文件并为每个 csv 文件创建一个图。我可以通过：

setwd("/myfiles/folder")
filenames = dir(pattern="*.csv")
for (i in 1:length(filenames)) { 
  tmp <-read.csv(filenames[i]); 
  print(ggplot(aes(x = count, y = time), data = tmp) + geom_point(aes(color = id)) 
      + geom_smooth(aes(color = id), method= "lm", se = F, formula=y ~ poly(x, 3, raw=TRUE)) 
      + ggtitle("Title") + labs(x="Count)",y="Time")+ggsave(file="ID_.jpeg"))
}

但是，正如您所期望的那样，这只会创建一个 .jpeg 文件，因此每次都会被覆盖，我只剩下最后保存的绘图了。

我试过了：

for (i in 1:length(filenames)) { 
  tmp <-read.csv(filenames[i]); 
  print(ggplot(aes(x = count, y = time), data = tmp) + geom_point(aes(color = id)) 
       + geom_smooth(aes(color = id), method= "lm", se = F, formula=y ~ poly(x, 3, raw=TRUE)) 
       + ggtitle("Title") + labs(x="Count)",y="Time")+ggsave(file="ID"+id+".jpeg"))
}

但这会导致：

regexpr("\.([[:alnum:]]+)$", x) 中的错误：找不到对象 'id'

为什么 id 以前是不被 ggsave 识别（对于 geom_plot 项目）？

【问题讨论】：

R 中的 + 未完成字符串连接，请使用 paste()。例如：ggsave(file=paste0("ID", ID, ".jpeg"))。另外，“ID”从何而来？你的意思是小写的id？您只需为文件名选择一个值。
抱歉，我已经编辑了我的问题 - 我的意思是 id 而不是 ID。 id 来自 csv 文件，它是一个列标题。它仍然在说object 'id' not found。数据源temp在开头指定为ggplot
好吧，ggsave 不会从图中读取数据。如果你想从 tmp 获取一个值，你需要明确，即tmp$id。但请记住，tmp 的每一行都有自己的 Id 值，如果您愿意，可以使用第一行 tmp$id[1]
这里的部分问题可能是风格上的；可以通过简单地添加到绘图对象的末尾来包含ggsave()，但老实说，我以前从未见过这样做（而且我已经看到了 lots 的 ggplot2 代码）。通常，人们会创建一个绘图对象并将其传递给ggsave 在单独的行中。
@joran 我认为“添加” ggsave 非常具有误导性；它等同于在qplot() + NULL 后面跟着ggsave(filename)，即它似乎工作是因为有两个附带的副作用：i）ggsave() 没有返回值，也没有类，所以ggplot2:::add_ggplot 很高兴什么都不做； ii) ggsave() 保存显示的最新绘图，如果没有明确传递，这在此处有效（交互式会话），但不应与 qplot() %>% ggsave(file="test.pdf") 混淆。

标签： r csv ggplot2

【解决方案1】：

试试这个，

for (ii in seq_along(filenames)) { 

  tmp <- read.csv(filenames[ii])

  p <- ggplot(aes(x = count, y = time), data = tmp) + 
          geom_point(aes(color = id)) + 
          geom_smooth(aes(color = id), method= "lm", se = F, 
                     formula=y ~ poly(x, 3, raw=TRUE)) + 
          ggtitle("Title") + 
          labs(x="Count)",y="Time")

  ggsave(file=paste0("ID", ii, ".png"), p)
}

【讨论】：

【解决方案2】：

因为在 ggplot 中您提供了具有列 ID 的数据（在您的情况下是 tmp）。在 ggsave 中它不要求提供数据，因此当您提供列名 ID 时，ggsave 不知道如何处理它。

我建议在 ggsave 中使用 i（你的 for 迭代器）。

for (i in 1:length(filenames)) { 
tmp <-read.csv(filenames[i]); 
print(ggplot(aes(x = count, y = time), data = tmp) +   geom_point(aes(color = id)) 
   + geom_smooth(aes(color = id), method= "lm", se = F, formula=y ~ p  oly(x, 3, raw=TRUE)) 
   + ggtitle("Title") + labs(x="Count)",y="Time")+ggsave(file=paste0("ID",i,".jpeg"))
}

【讨论】：