函数“univariateTable”的微调表输出

Question

我发现函数univariateTable 非常有助于处理更大的数据以获得漂亮、干净的表输出。但是在csv 中导出表后，我仍然需要手动执行一些操作，我宁愿在 R 中执行此操作以自动化该过程并避免人为错误。

这是带有表格输出的示例代码，然后我将其导出为csv

value<-cbind(c(rnorm(103.251,503.24,90),rnorm(103.251,823.24,120)))
genotype<-cbind(c(rep("A",100),rep("B",100)))
gender<-rep(c("M","F","F","F"),50)
df<-cbind(value,genotype,gender)
df<-as.data.frame(df)
colnames(df)<-c("value","genotype","gender")
df$value<-as.numeric(as.character(df$value))
library(Publish)
summary(univariateTable(gender ~ Q(value) + genotype, data=df))

我遇到的两个问题是：

1. 有没有办法以类似于以下的方式对表格中的数字进行四舍五入：round(99.73)

2. 有没有办法在四分位间距输出中用- 替换,，类似于以下方式：gsub(", ","-","[503.7, 793.3]")，而不是median [iqr]，将其输出median [IQR]

同样，我在导出表后手动执行这些操作，但对于较大的表，自动化该过程会更方便。

Answer 1

univariateTable 有一个可用于舍入的数字参数。要修改格式，您可以检查univariateTable 返回的列表，找出在哪里可以找到需要更改的值。

您的示例数据引发了错误，因此我对其进行了修改以使其运行并稍微清理了代码。

# devtools::install_github("tagteam/Publish")
library(Publish)

value <- c(rnorm(90, 103.251,503.24),rnorm(110, 103.251,823.24))
genotype <- rep(c("A","B"), each=100)
gender <- rep(c("M","F","F","F"),50)
df <- data.frame(value,genotype,gender)

univariateTable 的 digits 参数可用于舍入（有关函数的帮助信息，请参阅 ?univariateTable）。

tab = univariateTable(gender ~ Q(value) + genotype, data=df, digits=0)

要将逗号更改为连字符，我们需要查看这些值在univariateTable 返回的列表中的存储位置。运行str(tab)，它会显示列表的结构。请注意，表中的标题值看起来像是存储在 tab$summary.groups$value 和 tab$summary.totals$value 中，因此我们将对其进行编辑：

tab$summary.groups$value = gsub(", ", " - ", tab$summary.groups$value)
tab$summary.totals$value = gsub(", ", " - ", tab$summary.totals$value)

tab

  Variable        Level gender = F (n=150) gender = M (n=50)   Total (n=200) p-value
1    value median [iqr]    -6 [-481 - 424]  203 [-167 - 544] 80 [-433 - 458]   0.118
2 genotype            A            75 (50)           25 (50)        100 (50)        
3                     B            75 (50)           25 (50)        100 (50)   1.000