R markdown：我可以将 pdf 作为图像插入到 r markdown 文件中吗？答案

【问题标题】：R markdown: can I insert a pdf to the r markdown file as an image?R markdown：我可以将 pdf 作为图像插入到 r markdown 文件中吗？
【发布时间】：2017-01-03 13:32:29
【问题描述】：

我正在尝试将 pdf 图像插入 r markdown 文件。我知道可以插入 jpg 或 png 图像。我只是想知道是否也可以插入pdf图像。非常感谢！

【问题讨论】：

什么是“pdf 图片”？您的意思是“插入 PDF 文件的链接”还是“显示近似 PDF 在 PDF 查看器中呈现方式的图像”？
我使用的一个函数只生成 pdf 输出。它为 DNA 序列比对生成图像。是否可以直接在 r markdown 代码块中使用该函数？或者我可以先生成 pdf 并以某种方式将其放入 markdown 文档中，就像我们对 png 图像文件所做的那样。希望现在很清楚。非常感谢！
如果我的解释正确，您需要一种编程方式从 PDF 中提取图像并在报告中显示该图像。我不知道有任何 R 包可以做到这一点。您应该可以使用ImageMagick 的convert 命令或pdfimages 命令进行system2 调用。

标签： r

【解决方案1】：

如果您只是尝试将已从 R 分析中导出的图像插入到 pdf 图像中，您还可以使用 knitr 引擎中的标准图像选项。

类似的东西：

```{r, out.width="0.3\\linewidth", include=TRUE, fig.align="center", fig.cap=c("your caption"), echo=FALSE}
knitr::include_graphics("./images/imagename.pdf")
```

不幸的是，您无法指定图像输出的初始尺寸（fig.width 和 fig.height），您需要在初始输出中预先定义，但您可以在您的文档（out.width）。然而，如下所述，这仅限于按比例缩小。

如果您的文件位于同一工作目录中，您当然也可以省略初始目录规范。请注意指定图像路径时的操作系统差异。

另一种方法是使用@hermestrismegistus 在this post 上提到的 Markdown 语法：

![Image Title](./path/to/image.pdf){width=65%}

这也可以并排收集多个图像：

![Image Title](./path/to/image.pdf){width=33%}![Image2 Title](./path/to/image2.pdf){width=33%}![Image3 Title](./path/to/image3.pdf){width=33%}

编辑：

在更广泛地使用文本引用之后，我发现使用 r 块和 include_graphics 选项最有用。还因为图像对齐（对齐）方面的灵活性。

举个例子：

```{r image-ref-for-in-text, echo = FALSE, message=FALSE, fig.align='center', fig.cap='Some cool caption', out.width='0.75\\linewidth', fig.pos='H'}
knitr::include_graphics("./folder/folder/plot_file_name.pdf")
```

以后可以在文本中使用该引用，例如，图\@ref(fig:image-ref-for-in-text) 说明了等等。

使用这种格式需要注意的一些重要事项：

您只能通过代码块将 PDF 图像扩展至原始 .pdf 文件中设置的 out.width 和 out.height 条件。因此，我建议将它们稍微设置在原始图像中较大的一侧（请注意，任何图表文本都会相应地缩放）。
文本内参考代码（在本例中为 image-ref-for-in-text）不能包含任何下划线 (_)，但可以包含短划线 (-)。您将通过一条错误消息指出! Package caption Error: \caption outside float.
为了阻止您的绘图漂移到文档的错误部分，但不幸的是会产生一些空白，上面的示例包括fig.pos='H'。其中H是指“持有”位置。之前的 Markdown 选项也可以通过在最后一个大括号之后立即放置句号（句点 .）来实现。

例子：

![Image Title](./path/to/image.pdf){width=75%}.

不幸的是，后一种选择会导致一些难看的句号。我更喜欢include_graphics 选项的另一个原因。

【讨论】：

有没有办法上传可滚动的pdf文档，而不仅仅是图片？
嗨 Juliana，我看到了一些 pdf 查看器选项，用于在 html 中包含插件，但我自己没有使用它们。

【解决方案2】：

不好意思，我发现之前有个类似的帖子： Add pdf file in Rmarkdown file

基本上，我可以使用以下内容来很好地输出 html：
<img src="myFirstAlignment2.pdf" alt="some text" width="4200" height="4200">

类似下面的内容适用于 pdf 输出： (1)可能的解决方案 \begin{center} <br> \includegraphics[width=8in]{myFirstAlignment2.pdf} <br> \end{center} (2)可能的解决方案 ![Alt](myFirstAlignment2.pdf)

如果 pdf 文件不在您的工作目录中，则应将 myFirstAlignment2.pdf 替换为 path\myFirstAlignment2.pdf。

【讨论】：

只有第二种解决方案 (2) 对我有用，但显示的 pdf 绝对很小。第一个解决方案（img src）不显示任何内容。有没有办法用解决方案2控制输出大小？
@Nova 你可能早就解决了这个问题，但这里有一个possible solution。这也适用于包含用于 PDF 输出的多页 PDF：\includegraphics[page=2]{myFirstAlignment2.pdf}
值得注意的是，如果你想在网络上显示这个 .md，pdf 会在 Safari 中按需要显示为图像，但不幸的是，这种语法与 Firefox 或 Chrome 不兼容。这些程序无法识别带有图像标签的 PDF。相反，您必须使用<object data="/PATH/TO/images/TITLE.pdf" type="application/pdf" width="100%"> </object>

【解决方案3】：

关于最佳答案的评论，有一种方法可以使用第二个选项，并且输出不会很小。

使用下面的语法，高度是一个很大的数字。括号中的文字是它工作所必需的。

![Alt](./file.pdf){width=100% height=400}

【讨论】：

【解决方案4】：

在调整 pdf 大小方面，列出的答案对我来说都不是很好，因此使用 out.height 和 out.width 的代码块选项添加另一个答案来控制大小：

```{r out.height = "460px", out.width='800px', echo=F}
knitr::include_graphics("./images/imagename.pdf")
```

【讨论】：