在 R 中写入 tsv 文件时未对齐的数据帧答案

【问题标题】：unaligned data frame when writing a tsv file in R在 R 中写入 tsv 文件时未对齐的数据帧
【发布时间】：2021-09-28 07:48:09
【问题描述】：

我有一个看起来像这样的大数据框

    gene1   gene2   gene3
cell1   0   1   2
cell2   1   1   0
cell3   0   0   1

我转了countst=as.data.frame(t(counts)) ，而且它似乎工作正常

    cell1   cell2   cell3   
gene1   0   1   0
gene2   1   1   0
gene3   2   0   1

但是当我尝试用

写文件时

write.table(countst, file='counts.tsv')

我得到一个看起来像这样的 tsv

cell1   cell2   cell3   
gene1   0   1   0
gene2   1   1   0
gene3   2   0   1

有什么想法吗？

【问题讨论】：

标签： r csv

【解决方案1】：

制表符分隔并不意味着所有列都会对齐，它只是一种有助于区分行中字段的机制。如果你想要一个正确渲染的列对齐的表格，你需要固定宽度的输出，这实际上是一种渲染，而不是一种存储方法。

如果您希望它在文件中看起来不错（并且不担心以后再读回它），那么您可以使用类似的东西：

writeLines(capture.output(print(t(dat))), "cells.tab")

生成的文件如下所示：

      cell1 cell2 cell3
gene1     0     1     0
gene2     1     1     0
gene3     2     0     1

数据：

dat <- structure(list(gene1 = c(0L, 1L, 0L), gene2 = c(1L, 1L, 0L), gene3 = c(2L, 0L, 1L)), class = "data.frame", row.names = c("cell1", "cell2", "cell3"))

【讨论】：

瑞文斯您好，感谢您的反馈。我的意思并不完全是文件的外观，而是这会改变数据结构，因为第一行最终的列比其余数据少，当我尝试使用其他包读取它时，这会变成一个问题!
那么您的问题是row.names= 的默认值是真的吗？ CSV/TSV 中的行名将始终创建一个伪列。如果是这种情况，我建议您将它们转换为显式列。