Sweave 可以自动生成许多 pdf 文件吗？

Question

我分析了许多城市（数百个）的测量结果，需要为每个城市创建单独的报告（Adobe pdf 格式）。

我的流程是这样的：

1. 第一个 RStudio 准备要显示的数据，保存在 X.Rda 中。
2. 在 X.Rnw (RStudio) 中，我阅读 X.Rda，选择一个城市，然后生成表格和绘图。
3. 在 RStudio 中，我按“编译 PDF”并生成城市报告 X.pdf。
4. 我转到第 2 步，选择另一个城市，依此类推。

这很乏味，看起来非常适合每个城市的 for 循环，但是怎么做呢？

感谢 r 贡献者！

/克里斯

Answer 1

您可以使用像for 循环这样的东西，它会改变一个全局变量，它可以控制您想要将哪个城市编织到报告中；见其他帖子Run Sweave or knitr with objects from existing R session

代码会是这样的（假设cities是一个字符向量，我以knitr包为例，因为你可以指定输出的文件名）：

for (city in cities) {
   knit('city_template.Rnw', output = paste('report_', city, '.tex', sep = ''))
}

在city_template.Rnw 中，你有一个类似的块

<<do-my-job>>=
make_plot(city, ...)
whatever(city, ...)
@

然后你会得到一系列以城市命名的 tex 文件，剩下的工作就是将它们编译成 PDF（RStudio 不可能编译多个 tex 文件，AFAIK，但在命令行或在 R 中使用texi2dvi())。

您需要注意一件事——您必须为每个输出文件使用不同的数字前缀（选项fig.path），否则不同的城市可能会覆盖彼此的数字输出。在knitr 中，可以这样完成：

<<setup, echo=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path = paste('my-prefix-', city, sep = ''))
@

我相信通过循环生成许多报告应该是安全的。

顺便说一句，您当然可以使用 Sweave 实现相同的目标；或许你以后会知道我为什么开发knitr（这是题外话，这里就不展开了）。

Answer 2

• 在 R 环境中执行此操作。
• 将特定城市的所有输出放在一个列表中
• 用只调用输出的块编写 RnW
• 将您的 R 图像保存在与 Sweave 报告相同的文件夹中，并将 wd 设置为相同的文件夹
• Sweave("yourfile.RnW", output = "yourcity.tex")
• 使用 texi2dvi 从 R 编译你的 tex 文件

如果你有很多城市，你应该把它放到一个函数中。