【问题标题】:Resources for knitr chunksknitr 块的资源
【发布时间】:2016-11-16 07:43:16
【问题描述】:

我一直试图在网上找到这个,但没有任何运气。我正在使用knitr 使用 R 创建一个报告,并且想知道是否有人知道涉及<<>>= 的所有选项的好资源。我看过一些像 <<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>= 这样的例子,但我不知道这些是什么意思,想知道我还能做什么。

【问题讨论】:

标签: r knitr sweave


【解决方案1】:

为了让您结束问题 - 一切都在这里:http://yihui.name/knitr/options/#chunk_options,我将在下面粘贴最重要的(在我看来)选项:

代码评估

  • eval:(TRUE;逻辑)是否评估代码块;它也可以是一个数值向量,用于选择要评估的 R 表达式,例如eval=c(1, 3, 4) 或 eval=-(4:5)

文本结果

  • echo:(TRUE;逻辑或数字)是否在输出文件中包含 R 源代码;除了完全打开/关闭源代码的 TRUE/FALSE 之外,我们还可以使用数字向量来选择要在块中回显的 R 表达式,例如echo=2:3 表示只回显第 2 和第 3 个表达式,echo=-4 表示排除第 4 个表达式
  • results: ('markup'; character) 采用这些可能的值
    • markup:使用输出挂钩标记结果,例如将结果放入特殊的 LaTeX 中
    • asis:按原样输出,即将 R 的原始结果写入输出文档
    • hold: 保存所有输出片段并将它们推送到块的末尾
    • hide隐藏结果;此选项仅适用于正常的 R 输出(不适用于警告、消息或错误)
  • collapse:(FALSE;逻辑;仅适用于 Markdown 输出)如果可能,是否将所有源和输出块从一个代码块折叠成一个块(默认情况下,它们被写入单独的 <pre></pre> 块)
  • warning: (TRUE;logical) 是否在输出中保留警告(由 warning() 产生),就像我们在终端中运行 R 代码一样(如果为 FALSE,所有警告都将打印在控制台而不是输出文档中);它还可以将数值作为索引来选择要包含在输出中的警告子集
  • error:(TRUE;逻辑)是否保留错误(来自 stop());默认情况下,即使出现错误,评估也不会停止!如果我们希望 R 在错误时停止,我们需要将此选项设置为 FALSE message: (TRUE;logical) 是否保留 message() 发出的消息(类似于警告)
  • include:(TRUE;逻辑)是否在最终输出文档中包含块输出;如果include=FALSE,则不会将任何内容写入输出文档,但仍会评估代码并在块中有任何绘图时生成绘图文件,因此您可以手动插入图形;请注意,这是唯一未缓存的块选项,即更改它不会使缓存无效。

缓存

  • cache: (FALSE;logical) 是否缓存一个代码块;在评估代码块时,会跳过缓存的块,但在这些块中创建的对象是(延迟)从以前保存的数据库(.rdb 和 .rdx)文件中加载的,并且在第一次评估块时会保存这些文件时间,或者没有找到缓存文件时(例如,您可能已经手动删除了它们)

地块

  • fig.path: ('figure/'; character) 用于图形文件名的前缀(连接fig.path 和块标签以生成文件名);它可能包含一个像 figure/prefix- 这样的目录(如果它不存在将被创建);此路径是相对于当前工作目录的
  • fig.widthfig.height:(均为 7;数字)绘图的宽度和高度,用于图形设备(以英寸为单位)并且必须是数字
  • dev: ('pdf' 用于 LaTeX 输出,'png' 用于 HTML/markdown;字符)将用作图形设备来记录绘图的函数名称

一个示例块:

```{r global_options, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width = 9, fig.height = 4, fig.path = "Figs/", dev = "svg",
                      echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE,
                      cache = FALSE, tidy = FALSE, size = "small")
```

【讨论】:

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