在 knitr 中开始一个新的 R 会话

Question

如何在knitr 中启动新的R 会话？我宁愿开始一个新会话，也不愿使用 rm(list=ls()) 之类的东西，因为它不等同。

<<myname>>=
#some R code
@
<<another_chunk>>=
#start a new R session
#more R code
@

Answer 1

好的，现在我有一些更重要的东西给你，灵感来自an answer on the R-help list by Georg Ruß。他建议了三件事来让 R 恢复到启动时的状态，我已经为你编写了这个六步手册。

首先，你保存一串你在启动时运行的包（这应该在其他任何事情之前完成，在你运行任何其他代码之前），

foo <- .packages()

其次，当你想重置 R 时，正如你所提到的，你运行

rm(list=ls()) 

删除所有对象。然后，第三，你跑，

bar <- .packages()

获取当前包的字符串。其次，

foobar <- setdiff(bar, foo)

第五，通过这个变通循环消除差异，

toRemove <- paste("package:", foobar, sep='') 
#or paste0("package:", foobar) in R-2.15.0 or higher
for(i in seq_along(foobar)) {           
    detach(toRemove[i], character.only=TRUE)    
}

第六，根据您的设置，您可以获取 .Rprofile

source(".Rprofile")

这应该将 R 置于启动时的状态。我可能忽略了一些东西。

Answer 2

我建议您不要在 knitr 中启动新的 R 会话，而是在终端（或命令窗口）中启动新的 R 会话，如下所示：

R -e "library(knitr); knit('your_input.Rnw')"

如果你在Windows下，你必须将R的bin目录放入你的环境变量PATH（我已经很厌倦了描述如何做到这一点，所以如果你在Windows世界中你自己google一下，或查看LyX Sweave manual)。

然而，大多数编辑在调用 Sweave 或 knitr 时都会启动一个新的 R 会话，例如LyX 和 RStudio 等。你可以在http://yihui.name/knitr/demo/editors/ 找到更多可能的编辑器，我真的不认为需要在终端中调用R -e ...。