R markdown 文档中的绘图参数（例如 xlim 和 ylim）在不同的机器上表现不同答案

【问题标题】：plotting parameters (e.g. xlim and ylim) in R markdown document behave differently on different machinesR markdown 文档中的绘图参数（例如 xlim 和 ylim）在不同的机器上表现不同
【发布时间】：2021-08-14 09:45:16
【问题描述】：

我和一个朋友正在用 R Markdown 写一个文档，其中包括一些超级基本的系统发育树图。我们遇到了一个奇怪的问题，同一个 R markdown 文档会根据我们中的哪一个编织文档产生不同的外观图。在我朋友的机器上，情节看起来不错。在我的机器上，绘图的边界看起来完全不同，在图表周围产生了过多的空白。

我们使用的代码如下：

library(ape)

my_newick <- "(((A,B),C),D);"
my_tree <- read.tree(text = my_newick)

plot(my_tree,
direction = "downwards", srt = 90,
label.offset = 0.2,
adj = 0.5,
x.lim = c(0,5),
y.lim = c(0,10), no.margin = T)

在我朋友的机器上，编织的 PDF 结果如下所示：

在我的机器上，结果如下所示：

只是想知道是否有人知道为什么同一个文档中的相同代码会产生这样不同外观的图形？我在这里是否缺少一些基本的东西，比如我的 R 安装中的一些与绘图有关的全局设置？或者是因为我们使用了不同的 R 版本？（我在 3.6.2 上落后了，我想我的朋友可能正在使用 v4。这是我能想到的唯一区别。我们正在编写同一个文档，并且我们都使用 Mac OS。）编辑：仔细检查了这一点，我们都使用相同版本的 R (3.6.2)。我使用的是 ape 包的 v5.4-1 与他的 5.3，但仅此而已）。

【问题讨论】：

标签： r r-markdown knitr bookdown

【解决方案1】：

那是因为你朋友的机器有裁剪图形的工具：pdfcrop 和 ghostscript。这些工具可能未安装在您的机器上。由于您没有提供sessionInfo()，因此我不知道您的平台，因此很难提供具体的安装说明。如果你的 LaTeX 发行版是 TinyTeX，pdfcrop 可以通过tinytex::tlmgr_install('pdfcrop') 安装。请注意，如果您使用的是 Windows，则需要为 pdfcrop 安装 Perl。如果你在 macOS 上，ghostscript 可以通过 Homebrew 安装。

【讨论】：