更改 R 库的位置会引发错误

Question

我对 R 的库路径有疑问。也许答案已经存在，但我找不到。我将 R 与 RStudio 版本 1.1.456 一起使用。我所有的附加库都位于一个目录dir1 <- \\SHARE\TOOLS_OLD$\R-3.5.1 中，我在该目录中附加了.libPaths(dir1)。在此设置中，一切都按预期工作。

我将目录\\SHARE\TOOLS_OLD$\R-3.5.1 中的所有库复制到新位置\\NAS\TOOLSNEW$\R-3.5.1 后出现问题。我没有更新 R 版本，我想保持所有包版本相同，这样我的设置与以前完全相同。这就是我没有在新位置重新安装软件包的原因。

当我打开一个新的 R 会话并运行这三行代码时

dir2 <-  \\NAS\TOOLSNEW$\R-3.5.1
.libPaths(dir2)
.libPaths()

我得到.libPaths()的正确输出

[1] "\\\\NAS/TOOLSNEW$/R-3.5.1" "C:/Apps/R-3.5.1/library"

但 R 也会抛出错误：

Error: invalid version specification ‘NA’
In addition: Warning message:
In utils:::packageDescription(packageName, fields = "Version") :
no package 'knitr' was found

显然有些软件包会记住它们最初的安装位置。有没有办法将软件包复制到新位置而不重新安装它们？如果这不可能，是否有一种简单（即非手动）的方法来重新安装我的包树而不升级任何包（包括依赖项），即定义每个包的版本？

感谢您的帮助！

PS：这是我的会话信息，以防万一。

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Switzerland.1252  LC_CTYPE=German_Switzerland.1252    
LC_MONETARY=German_Switzerland.1252 LC_NUMERIC=C                       
[5] LC_TIME=German_Switzerland.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1 tools_3.5.1    yaml_2.2.0    

Answer 1

问题可能有很多原因，例如复制包文件夹可能会丢失一些依赖项，或者注册表项不再匹配，但我在这里猜测。当您从旧版本复制软件包时，您必须运行 update.packages（但这可能会将任何软件包更新到您不想要的当前可用版本）。看看R-FAQ 和这个Stackoverflow question。

您可以使用devtools包安装特定版本的包。

install.packages("devtools")
require(devtools)

install_version(somePackage, version = neededVersion)

我是如何做到的，我创建了一个data.frame，其中包含具有相应版本号的所有必需包，例如

> requiredPkgs

                   Package              Version 
condformat         "condformat"         "0.9.0" 
DT                 "DT"                 "0.17"  
formattable        "formattable"        "0.2.1" 
ggplot2            "ggplot2"            "3.3.3" 
ggthemes           "ggthemes"           "4.2.4" 
htmlTable          "htmlTable"          "2.1.0" 

然后循环安装它们

for(iPkg in requiredPkgs) {
  install_version(iPkg[1], version = iPkg[2]
}